间变性大细胞淋巴瘤基因表达谱揭示两种主要类型及可靶向生物学：LLMPP研究

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE280480

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

间变性大细胞淋巴瘤（ALCL）是CD30+ T细胞淋巴瘤，具有共同的病理学特征，但在临床表现、结局和遗传学方面存在差异。目前的分类结合了临床表现和ALK状态，但未能充分反映分子异质性和治疗脆弱性。我们在淋巴瘤/白血病分子谱分析计划中研究了689例ALCL，并进行了专家共识审查、遗传学分型（ALK、DUSP22、TP63和三阴性）以及磷酸化STAT3Tyr705的免疫组化检测。对393例样本进行RNAseq及无监督基因表达谱分析，识别出ALCL的2种主要分子类型，基于磷酸化STAT3Y705表达的有无（I型）可预测，准确率达91%（P<0.0001）。I型ALCL包括ALK+ ALCL和一种独特的三阴性ALCL亚群（TN-I）；II型ALCL包括具有DUSP22和/或TP63重排的肿瘤以及其余三阴性ALCL（TN-II）。I型ALCL富集JAK-STAT3通路（FDR<0.0001），而II型ALCL富集非酪氨酸激酶通路，尤其是表观遗传调控因子（FDR=0.003）。

EZH2是排名第一的基因（FDR=1.3×10⁻⁹⁷），免疫组化显示EZH2和H3K27me3过表达（P<0.0001）。在系统性ALCL（N=257）中，DUSP22重排型ALCL（5年OS，95%）和ALK+ ALCL（88%）预后良好，三阴性ALCL（TN-I，52%；TN-II，37%）预后居中，TP63重排型ALCL预后差（0%；P<0.0001）。我们提出了一种整合分子分类，该分类保留了目前诊断的ALCL实体，同时识别出4种分子上不同的ALK− ALCL亚型（DUSP22重排型、TP63重排型、TN-I和TN-II）。该分类可简便地应用于常规实践或临床试验中的石蜡组织，并将ALCL分层为在诊断、预后、生物学及潜在治疗上具有相关性的亚型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。