胚胎hMSCs中EWS-FLI1诱导DNA损伤与Ewing肉瘤肿瘤发生[空间转录组学]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE272958

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尤文肉瘤（ES）是一种侵袭性骨与软组织肿瘤，为人类所特有，以EWSR1/ETS重排为特征，其细胞起源仍不明确。在儿童人间充质干细胞（hMSCs）中表达EWS-FLI1所诱导的转录谱比在成人hMSCs中表达时更类似ES，但并未赋予致瘤能力。我们从实验性人胚胎干细胞（hESC）来源的畸胎瘤中分离出人间充质干细胞样细胞（hMSLCs）。在hMSLCs中表达EWS-FLI1可通过优先结合基因间区和内含子区的微卫星序列而获得ES特征。在hMSLCs中，EWS-FLI1直接调控BRCA1表达，尽管表达该癌基因的细胞在DNA损伤修复（DDR）方面存在缺陷。将EWS-FLI1转导的hMSLCs移植到小鼠体内进行异种移植，可形成表达典型ES标志物的肿瘤。总之，EWS-FLI1在未分化的早期胚胎hMSC中表达时，会强制形成异常的转录组并赋予体内转化能力。

我们的方法代表了一种创新的实验手段，用于理解发育性肿瘤（从白血病到肉瘤）生物学的关键方面，在这些肿瘤中，少数（甚至单个）基因改变就能转化胎儿干细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。