AKAP95凝聚体调控转录并可靶向MLL融合驱动的肿瘤发生

该数据集为GSE271858 SuperSeries,标题为AKAP95凝聚体调控转录并可靶向MLL融合驱动的肿瘤发生,来源为NCBI GEO,分类属肿瘤/白血病

geo
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基因组分类GPL301739606
GSE271858: AKAP95 condensates regulate transcription and can be targeted in MLL-fusion driven oncogenesis

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-25

资源简介

AKAP95凝聚体调控转录并可靶向MLL融合驱动的肿瘤发生

GSE271858 是一个来自 NCBI GEO 的 SuperSeries 数据集,标题为“AKAP95 condensates regulate transcription and can be targeted in MLL-fusion driven oncogenesis”,即 AKAP95 凝聚体调控转录并可靶向 MLL 融合驱动的肿瘤发生。该数据集归类于肿瘤/白血病方向,由作者 Bi,Shi 发布,发布时间为 Jul 09 202。数据集以高通量测序进行表达谱分析为主题,涉及人类(9606)样本与 GPL30173 平台,当前可获取的文件为 1 个,即 GSE271858_series_matrix.txt.gz。整体而言,该数据集围绕 AKAP95 凝聚体与转录调控的关系,以及其在 MLL 融合驱动肿瘤发生中的可靶向性展开,适合关注白血病相关转录组研究的人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集源自 NCBI GEO,源站标题为“AKAP95 condensates regulate transcription and can be targeted in MLL-fusion driven oncogenesis”。从标题可以看出,其研究背景聚焦于 AKAP95 凝聚体对转录的调控作用,以及这一机制在 MLL 融合驱动的肿瘤发生过程中是否可以作为干预靶点。数据集所属分类为肿瘤/白血病,说明其研究对象与白血病这一肿瘤类型密切相关。源站将其组织为 SuperSeries,用于汇总其下所包含的 SubSeries,便于围绕同一研究主题集中访问相关数据。

【数据内容】

该数据集为 SuperSeries 结构,源站描述明确指出其由下列 SubSeries 组成。数据集的主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”,表明数据属于基于高通量测序的表达谱分析类型;同时标注了 GPL30173 平台与 9606(人类)物种信息。当前可获取的文件数量为 1,文件样例为 GSE271858_series_matrix.txt.gz,即系列矩阵文件,通常用于承载样本层面的表达信息与元数据。除该文件外,源站未提供更多关于样本数量、分组设计或具体基因层面的内容说明。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI GEO 数据库。数据集作者为 Bi,Shi,发布时间为 Jul 09 202。物种信息标注为 9606,对应人类。平台信息标注为 GPL30173。关于具体的样本采集方式、实验处理条件、测序策略细节等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕白血病尤其是 MLL 融合驱动肿瘤发生方向的转录调控研究,可用于了解 AKAP95 凝聚体相关转录调控的表达谱分析背景。由于其为 SuperSeries,适合作为入口定位其下属 SubSeries 所对应的具体实验数据。对于需要以高通量测序表达谱为切入点、考察凝聚体与转录关系的研究者,该数据集具有参考价值。关于更具体的适用分析类型,源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE271858_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式,读取时应按 GZIP 压缩格式处理,解压后按系列矩阵文件的常规结构解析字段与编码。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入后续分析流程。由于当前仅有 1 个文件,接入时应以该系列矩阵文件为主要数据入口,并结合其 SuperSeries 属性,按需追溯其下属 SubSeries 的相关数据。

【质量与限制】

该数据集为 SuperSeries,源站描述仅说明其由下列 SubSeries 组成,未提供各 SubSeries 的具体内容、样本规模或质控指标。当前可获取文件数量为 1,文件样例为系列矩阵文件,关于数据完整性、测序深度、重复数等信息,源站未提供。使用时应注意其 SuperSeries 的汇总性质,具体实验层面的细节需结合下属 SubSeries 判断。发布时间标注为 Jul 09 202,年份信息不完整,源站未提供更明确的说明。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Bi,Shi,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,标题为“AKAP95 condensates regulate transcription and can be targeted in MLL-fusion driven oncogenesis”。关于具体的引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE271858

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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