B细胞发育与B细胞急性淋巴细胞白血病中的3D染色质重塑 [Hi-C]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243298

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

B细胞祖细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）分子亚群的鉴定已被证明是理解ALL起源的有力工具，同时也提供了重要的预后信息。多项研究还显示了表观遗传景观的变化，包括不同B-ALL亚型之间的差异。然而，各亚型间三维基因组的状态及其与健康B细胞祖细胞的比较仍未被探索。本研究利用Hi-C和RNA-seq技术，对来自健康供者的早期B细胞祖细胞以及若干携带最常见且具有预后意义的结构变异的B-ALL样本（包括KMT2A::AFF1和BCR::ABL）进行了分析。我们发现B-ALL在三维基因组组织上发生亚型特异性变化，这些变化提示了疾病的分化阶段。进一步分析表明，与正常祖细胞相比，B-ALL获得了异常的染色质构象和致癌驱动基因的表达。我们还发现转录因子ERG在ETV6::RUNX1 B-ALL中被异常激活，并有助于分化阻滞的建立。

总体而言，我们研究的结果显示了染色质折叠改变对B-ALL白血病生成状态的影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。