GSE23760：基因表达谱识别炎症和血管生成作为犬血管肉瘤的显著特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE23760

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景 血管肉瘤的病因学仍未被完全了解。其在犬类中的常见发生提示存在易感因素有利于该物种中该病的发生。这些因素可能代表一组可遗传特征的集合，这些特征促进转化事件和/或促进有利于恶性血管形成细胞生存的微环境的建立。本研究的假设是，特征性的分子特征可将血管肉瘤与非恶性内皮细胞区分开来，并且这些特征对该疾病的病因学具有提示意义。方法 我们首先通过测序肿瘤DNA和mRNA（cDNA）来研究可能驱动血管肉瘤的VHL和Ras家族基因的突变。使用免疫印迹法检测蛋白表达。接下来，我们使用Affymetrix Canine 2.0平台评估全基因组基因表达谱，作为检验该假设的整体方法。数据使用常规生物信息学方法进行评估，并使用定量实时RT-PCR进行验证。结果 所分析的10个肿瘤样本和4个非肿瘤样本中的每一个，这些基因均为野生型序列。

在全基因组水平上，血管肉瘤细胞基于一个稳健的特征表达谱与非恶性内皮细胞分开聚类，该特征谱包括参与炎症、血管生成、黏附、侵袭、代谢、细胞周期、信号传导和模式形成的基因。该特征谱并非仅仅反映癌症相关的血管生成表型，因为它还能将血管肉瘤与非内皮性、中度至高度血管生成的骨髓来源肿瘤（淋巴瘤、白血病、骨肉瘤）区分开来。结论数据表明，炎症和血管生成是血管肿瘤发病机制中的重要过程，但产生这些肿瘤的细胞的明确个体发生仍有待确定。目前的数据尚不能区分是功能可塑性还是个体发生可塑性造成了这一表型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。