KSHV LANA蛋白序列中分离的生物活性小肽诱导CHD4降解促进细胞分化并抑制白血病细胞生长（SLAM-seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE228656

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数据说明

卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）建立潜伏感染，在此状态下大多数病毒基因被沉默，仅少数潜伏蛋白如潜伏相关核抗原（LANA）得以表达。在潜伏病毒染色质中，病毒基因处于待转录状态，而KSHV LANA在维持这种转录状态中发挥主要作用。在待转录染色质中，LANA招募细胞CHD4（染色质域解旋酶DNA结合蛋白4）并抑制诱导型病毒基因启动子。已知CHD4通过限制增强子-启动子相互作用来调控细胞分化，其突变或过表达会失调宿主细胞转录程序，从而与肿瘤发生相关。在此，我们从LANA-CHD4相互作用表面的LANA氨基酸序列中鉴定出一种推测的CHD4抑制剂。该小肽以其PHD结构域与CHD4相互作用，解离常数（KD）为14 nM。将该肽导入原发性渗出性淋巴瘤后，可诱导caspase介导的CHD4切割，随后触发细胞凋亡和自噬。

一系列MTT实验表明，该肽在低微摩尔浓度下优先杀伤淋巴瘤和白血病细胞系，而外周单个核细胞或黏附细胞系对该肽处理表现出更强的耐药性。单核细胞分化模型表明，低剂量该肽预处理可显著促进向M2巨噬细胞的转化（通过降低CHD4在基因启动子上的占据），并全面改变了U937细胞中佛波醇肉豆蔻酸乙酸酯靶基因的组成。最后，PEL异种移植小鼠模型中肿瘤生长受到抑制，且未观察到可测量的副作用，从异种移植肿瘤中分离的PEL细胞显示CHD4和LANA表达降低，并呈现终末分化表型。我们提出，从KSHV LANA序列中分离的该肽具有生物学活性，可能作为CHD4抑制剂发挥作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。