Tet2致癌突变易感性的起源细胞表观遗传启动 [scATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE227314

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

造血干细胞突变可导致克隆性造血（CHIP），但其临床结局具有异质性。起始突变和继发突变的性质可能驱动新发肿瘤性疾病的发生。我们研究了TET2突变所发生的细胞状态如何影响对该常见CH突变的易感性。在此，我们提供证据表明风险书写于起源细胞的表观基因组之中。通过表征构成髓系分化基础的细胞状态，并将该信息与用于评估髓系祖细胞克隆的诱导系统相关联，我们提供证据表明Tet2突变发生细胞的表观遗传标志可对克隆行为进行分层。具体而言，Sox4促成了一个对Tet2 KO高度敏感的全局细胞状态。利用GMP和原代HSC模型，我们表明Sox4促进细胞去分化、改变细胞代谢并增加突变细胞的体内克隆输出。我们的结果验证了表观遗传特征可使特定克隆易于获得优势地位的假说，并解释了为何同一突变可导致不同结局。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。