正常红系祖细胞与红白血病细胞的转录组分析
该数据集来自 NCBI GEO，包含正常红系祖细胞与红白血病细胞的转录组表达谱数据，采用芯片平台 GPL6246 对小鼠样本进行表达 profiling
基本信息
资源简介
正常红系祖细胞与红白血病细胞的转录组分析
GSE21949 是一个聚焦于正常红系祖细胞与红白血病细胞转录组比较的表达谱数据集，来源于 NCBI GEO 公共数据库，归类于肿瘤/白血病方向。该数据集通过芯片平台对小鼠样本进行表达 profiling，旨在从转录组层面呈现正常红系祖细胞与红白血病细胞之间的表达差异。数据集以单个压缩矩阵文件的形式提供，适合从事红系发育、白血病机制及转录组分析的研究人员下载使用。整体而言，该数据集规模精简、主题明确，可作为红系细胞与红白血病细胞表达特征比较研究的基础数据资源。
【数据集背景】
该数据集的英文全称为 GSE21949: Transcriptome analysis of normal erythroid progenitors and erythroleukemia cells，源站标题与英文名一致。其研究背景围绕正常红系祖细胞与红白血病细胞的转录组比较展开。根据源站描述，研究者比较了由 ES 细胞衍生的红系祖细胞（ES-EP）与稳定转染 Gata-1 融合 ER 的小鼠红白血病（MEL）细胞的转录组。这一比较有助于在转录组水平上观察正常红系祖细胞与红白血病细胞之间的表达特征差异，为理解红系发育与红白血病相关生物学过程提供数据基础。
【数据内容】
该数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE21949_series_matrix.txt.gz，即系列矩阵文件，采用 GZIP 压缩格式。主题标签显示其属于 Expression profiling by array，涉及平台 GPL6246，物种标识为 10090（小鼠）。数据集围绕正常红系祖细胞与红白血病细胞的转录组表达谱展开，内容以芯片表达 profiling 数据为主体，可用于比较两类细胞在转录组层面的表达模式。
【采集与来源】
数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov（NCBI GEO）。作者为 Sandeep，N，Wontakal，发布时间为 May 21 201。源站描述说明，研究比较了 ES 细胞衍生的红系祖细胞（ES-EP）与稳定转染 Gata-1 融合 ER 的小鼠红白血病（MEL）细胞的转录组。样本物种为小鼠，检测平台为 GPL6246 芯片平台。
【适用场景】
该数据集适用于红系发育与红白血病相关的转录组研究场景，例如比较正常红系祖细胞与红白血病细胞之间的表达谱差异、开展芯片表达数据的二次分析，以及作为红系细胞与白血病细胞表达特征研究的参考数据。其肿瘤/白血病分类也使其可用于白血病相关表达模式的基础性探索。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE21949_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以保证后续分析流程的稳定性。该数据集为系列矩阵文件形式，读取后可按芯片表达谱数据的常规方式组织样本与表达值信息，用于后续比较分析。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，规模较为精简。源站未提供关于样本数量、重复设置、数据质控指标及标准化处理细节的更多信息。发布时间记录为 May 21 201，年份信息不完整。使用时应结合芯片平台 GPL6246 与小鼠物种背景理解数据适用范围，其他质量相关细节源站未提供。
【引用与许可】
作者为 Sandeep，N，Wontakal，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的许可条款与具体引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE21949
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们比较了胚胎干细胞衍生的红系祖细胞（ES-EP）与稳定转染了融合有雌激素受体的Gata-1的小鼠红白血病（MEL）细胞的转录组。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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