人造血细胞系中U2AF2 RNA结合的转录组范围分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE195669

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

必需的前体mRNA剪接因子U2AF2（也称为U2AF65）能够识别新生转录本中的多聚嘧啶（Py）束信号，尽管这些信号在长度和序列上存在变异。先前的研究表明，U2AF2的RNA识别基序（RRM1和RRM2）优先结合富含尿苷的RNA。然而，RRM1/RRM2界面对于中央Py束核苷酸的特异性尚未被研究。在人类红白血病细胞中，对内源性U2AF2进行的增强型交联和免疫沉淀显示，在原本富含尿苷的U2AF2结合剪接位点中，中央核苷酸位置的结合位点对尿苷敏感且序列保守性较低。总而言之，这些结果强调了RNA柔性对于蛋白质识别的重要性，并朝着将剪接位点基序与前体mRNA剪接效率相关联迈出了一步。关键词：剪接，RNA结合，U2AF2，U2AF65，3’SS，3’剪接位点，eCLIP，多聚嘧啶束，RNA识别基序，RRM，富含U，Py束

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。