儿童急性髓系白血病转录组分析

数据基于高通量测序表达谱(GPL24676,9606),可用于儿童AML转录组表达分析及相关研究(来源 NCBI)。源站首次发布:Dec 27 202

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基因组预测GPL246769606
GSE192638: Transcriptome Analysis of Pediatric Acute Myeloid Leukemia

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

儿童急性髓系白血病转录组分析

GSE192638 是一项针对儿童急性髓系白血病(Pediatric Acute Myeloid Leukemia)的转录组分析数据集,源站标题为“Transcriptome Analysis of Pediatric Acute Myeloid Leukemia”,归类于肿瘤/白血病方向,数据来自 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集以高通量测序表达谱的形式提供,主题标签涉及 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676 与 9606,共包含 1 个文件,样例文件为 GSE192638_series_matrix.txt.gz。数据集由 K、T、Leung 提交,源站首次发布时间为 Dec 27 202,可用于儿童 AML 转录组表达分析及相关研究。

【数据集背景】

该数据集围绕儿童急性髓系白血病展开。根据源站描述,本研究的目的是为患有急性髓系白血病的儿童生成一份全转录组数据集(whole transcriptome dataset)。急性髓系白血病是儿童血液系统恶性肿瘤中的重要类型,对其转录组层面的系统刻画有助于理解疾病在基因表达层面的特征。该数据集以高通量测序表达谱的形式组织,主题标签中的 9606 对应人类,表明数据来源于人类样本;GPL24676 为数据所依托的平台标识。数据集在源站被归入肿瘤/白血病分类,与其研究对象一致。

【数据内容】

数据集当前提供 1 个文件,样例文件名为 GSE192638_series_matrix.txt.gz,采用 GZIP 压缩格式。从文件命名看,其内容为系列矩阵形式,通常用于承载表达谱数据的样本与表达信息。主题标签表明数据属于高通量测序表达谱类型(Expression profiling by high throughput sequencing),平台标识为 GPL24676,物种标识为 9606。数据集英文名与源站标题均为“Transcriptome Analysis of Pediatric Acute Myeloid Leukemia”,与源站描述中“生成儿童急性髓系白血病全转录组数据集”的目标相呼应。除上述文件与标签信息外,源站未提供更细的样本数量、分组设计或具体表达指标说明。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,提交者为 K、T、Leung,源站首次发布时间为 Dec 27 202。数据集的主题标签包含高通量测序表达谱、GPL24676 与 9606,说明其采集与组织依托高通量测序表达谱技术路线,并面向人类样本。源站描述仅说明研究目的是为儿童急性髓系白血病生成全转录组数据集,未提供样本采集地点、采集时间、临床信息字段等细节,相关内容源站未提供。

【适用场景】

基于高通量测序表达谱的定位,该数据集可用于儿童 AML 的转录组表达分析及相关研究。具体而言,可围绕表达谱层面的样本比较、基因表达特征梳理等通用分析目的使用;主题标签中的物种与平台信息也便于在跨数据集整合时进行来源识别。由于源站未提供样本分组、临床注释与具体分析结论,涉及特定临床问题或验证性研究时,需以数据文件中的实际字段为准。源站未提供关于该数据集在其他研究中的使用记录或验证结果。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE192638_series_matrix.txt.gz,并按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码差异导致后续分析偏差。由于当前仅有 1 个文件,读取流程相对简单,但仍应保留原始文件以备复核。源站未提供配套的分析脚本、注释文件或预处理流程说明。

【质量与限制】

数据集仅含 1 个文件,且为系列矩阵形式,源站未提供原始测序读段、质控报告或批次信息,相关质量评估内容源站未提供。样本数量、临床背景、分组设计等影响解释范围的关键信息亦未在源站描述中给出。使用时应注意,该数据集定位为转录组表达谱资源,其结论适用范围受限于源站所提供的信息范围;对于清单未覆盖的技术细节与质量指标,源站未提供。

【引用与许可】

数据集提交者为 K、T、Leung,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站首次发布时间为 Dec 27 202。引用时应依据源站提供的条目信息标注数据集编号 GSE192638 及标题“Transcriptome Analysis of Pediatric Acute Myeloid Leukemia”。关于许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE192638

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的:本研究旨在为急性髓系白血病患儿构建全转录组数据集。方法:采用Illumina平台进行深度测序生成RNA-seq数据,并对通过质量过滤的序列reads进行分析。结果:使用优化的数据分析流程,我们将每个样本约3000万条序列reads比对到人类基因组(buildhg38),并使用ensemble release 100进行注释。

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