髓系白血病依赖的CTCF结合lncRNA位点MYNRL15 [RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE172238

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

非编码基因组是尚未充分开发的新生物学见解来源，其中包括数千个长非编码RNA（lncRNA）位点。虽然其中一些产生真正的功能性转录本，另一些则发挥不依赖转录本的调控效应，而缺乏预测性特征使机制解析成为重大挑战。在此，我们描述MYNRL15：一个位于15号染色体上的非编码调控位点，也是通过对来自造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及急性髓系白血病（AML）样本的lncRNA特征进行CRISPR筛选所鉴定出的泛髓系白血病依赖性位点。我们证明，该位点中顺式调控DNA元件的缺失、而非其转录产物，驱动了其扰动表型，触发致癌通路的全局下调、15号染色体邻近区域的协调性失调，以及与远端环基部的肿瘤抑制性长程染色质相互作用的形成。此外，MYNRL15扰动在体外选择性损害原代AML原始细胞而非正常HSPCs，并在体内耗竭患者来源的异种移植瘤，为染色质调控非编码位点存在致癌脆弱性提供了证据。

MYNRL15的特征是CTCF结合增强、表达水平低且跨度短——这些特征为数百个lncRNA基因所共有，其中近半数在急性髓系白血病（AML）患者队列中与临床特征相关。我们提出，这些构成了一类新的功能性遗传元件，既具有治疗AML的潜力，又对癌症病理生理学具有普遍而深远的意义，MYNRL15即为典型例证。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。