HyPR-seq：通过DNA探针杂交与测序对选定RNA进行单细胞定量

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE158003

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数据说明

单细胞RNA定量对于理解细胞异质性和基因调控至关重要，然而当前方法对单个转录本的灵敏度较低，限制了其在许多应用中的实用性。在此，我们提出HyPR-seq，一种能够在单细胞中灵敏定量10至100个选定基因表达的方法。HyPR-seq通过将DNA探针与RNA杂交、将细胞分配到纳升液滴中、利用PCR扩增探针并对扩增子进行测序来定量所选基因的表达。HyPR-seq对单个转录本具有高灵敏度，能够检测非多聚腺苷酸化和低丰度转录本，并可分析多达100,000个单细胞。我们展示了HyPR-seq如何用于分析混合筛选中CRISPR扰动的影响、通过测量基因内含子检测基因表达的时间分辨变化，以及利用低丰度标记基因检测稀有转录本并量化组织中的细胞类型频率。

通过灵敏地定量单个转录本并将测序能力导向感兴趣的基因，HyPR-seq在这些应用中与全转录组scRNA-seq方法相比，成本最多可降低100倍。HyPR-seq将成为单细胞中靶向RNA profiling的有力方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。