原发性骨髓纤维化患者CD34+细胞单细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE153319

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们采用10X Genomics平台对原发性骨髓纤维化（PMF）患者的CD34+造血干/祖细胞（HSPCs）进行了单细胞RNA测序。细胞通过免疫磁珠分选法从一名PMF进展为急性髓系白血病（AML）患者的冻存外周血单个核细胞（PBMCs）中分离获得。研究纳入三个时间点：慢性期（Time1）、鲁索替尼治疗8个月后（Time2）以及鲁索替尼治疗11个月后AML确诊时（Time3）。本项目的主要目的是重建疾病演变过程中不同时间点HSPCs亚群层面肿瘤克隆的组成，并研究各细胞簇随时间变化的基因表达改变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。