PML-RARa诱导白血病转化过程中基因组架构动态变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE151837

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性早幼粒细胞白血病（APL）是一种致命的白血病亚型，由编码早幼粒细胞白血病（PML）蛋白和视黄酸受体α（RARa）蛋白的基因之间的易位驱动。我们使用表达PML-RARa的小鼠造血祖细胞，剖析了这种致癌转录因子在白血病转化过程中引发的表观基因组、转录组和基因组架构的动态变化。我们发现PML-RARa诱导了一系列拓扑和转录改变，主要影响远端调控元件。此外，我们确定Klf4——造血分化的主调控因子——是白血病发生过程中早期失调的基因，并解构了PML-RARa表达在Klf4位点引发的长距离相互作用、组蛋白修饰和转录输出的动态变化。我们的研究全面概述了PML-RARa诱导的动态基因组和转录组改变，这些改变最终阻断造血分化并诱导白血病转化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。