AU-rich元件与TTP介导静息白血病细胞化疗耐药转录后程序[BMDMs]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE141075

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

静息状态（G0期）是一种短暂的细胞周期停滞状态。癌细胞通过进入G0期，在化疗等不利条件下存活并导致复发。尽管已在转录组水平对G0期细胞进行了研究，但转录后调控如何促进其化疗耐药性仍不清楚。我们通过血清饥饿或化疗处理诱导了化疗耐药且处于静息状态（G0期）的白血病细胞。为了研究G0期白血病细胞中的转录后调控，我们系统分析了其转录组、翻译组和蛋白质组。我们发现，耐药性G0期细胞重现了体内化疗耐药白血病模型和G0期模型的基因表达谱。在G0期细胞中，经典翻译起始受到抑制；然而我们发现炎症基因的翻译水平很高，表明存在替代性转录后调控。重要的是，AU富集元件（AREs）在上调的G0期翻译组和转录组中显著富集。在机制上，我们发现应激响应性p38 MAPK-MK2信号通路通过磷酸化并失活mRNA降解因子tristetraprolin（TTP），从而在G0期稳定ARE mRNA。

这使得促进化疗耐药的ARE mRNA得以表达。相反，通过p38 MAPK抑制剂抑制TTP磷酸化以及使用不可磷酸化的TTP突变体，可降低含ARE的TNFα和DUSP1 mRNA水平，并使白血病细胞对化疗敏感。此外，在化疗前或与化疗同时联合抑制p38 MAPK和TNFα，可显著降低原代白血病细胞在离体和体内的化疗耐药性。这些研究揭示了白血病化疗耐药背后的转录后调控机制。我们的数据表明，p38 MAPK-MK2-TTP轴是促进化疗耐药的ARE mRNA表达的关键调控因子。通过阻断该通路，我们开发出一种针对化疗存活的有效联合疗法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。