B细胞急性淋巴细胞白血病免疫微环境演化[人骨髓数据集]

资源简介

B细胞急性淋巴细胞白血病免疫微环境演化[人骨髓数据集]

GSE130116 是一个来自 NCBI GEO 的单细胞转录组数据集，聚焦于 B 细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者骨髓免疫微环境的动态变化。该数据集通过单细胞 RNA-seq 技术，分析了来自 B-ALL 患者样本的原代人骨髓免疫群体，样本覆盖了同一患者匹配的诊断、缓解和复发三个阶段，同时纳入了健康骨髓供者样本作为对照。数据集英文全称为 “The Evolving Immune Microenvironment of B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia [human bone marrow dataset]”，在本站归类于肿瘤 / 白血病方向，由 Matthew T. Witkowski 提交，发布时间为 2019 年 4 月 21 日。数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE130116_series_matrix.txt.gz，主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL20301 平台以及人类物种编号 9606。

【数据集背景】

B 细胞急性淋巴细胞白血病是一种起源于 B 系淋巴祖细胞的恶性血液肿瘤，其发生、发展及复发与骨髓免疫微环境的变化密切相关。理解白血病细胞与周围免疫群体在不同疾病阶段如何相互作用，对于揭示疾病演进机制和寻找治疗靶点具有重要意义。该数据集正是围绕这一背景，利用单细胞分辨率的转录组测序手段，刻画 B-ALL 患者骨髓免疫群体在诊断、缓解和复发过程中的演化特征，并引入健康供者骨髓作为参照，从而为研究白血病免疫微环境的动态重塑提供数据基础。

【数据内容】

该数据集的核心内容是针对原代人骨髓免疫群体开展的单细胞 RNA-seq 分析。样本来源包括 B-ALL 患者在不同疾病阶段（诊断期、缓解期和复发期）的骨髓样本，这些阶段样本来自同一患者，构成匹配设计；同时还包括健康骨髓供者样本。数据集以表达谱分析为主要数据产出，主题标签表明其属于高通量测序平台的基因表达谱研究。数据集仅包含 1 个文件，即 GSE130116_series_matrix.txt.gz，该文件为 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件，通常用于汇总样本层面的表达信息。源站未提供更细化的细胞数量、基因数量或表达矩阵维度等具体参数。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题与数据集英文名一致，均为 “The Evolving Immune Microenvironment of B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia [human bone marrow dataset]”。样本采集对象为原代人骨髓免疫群体，涵盖 B-ALL 患者的诊断、缓解和复发匹配样本以及健康骨髓供者样本。数据集作者为 Matthew T. Witkowski，发布时间为 2019 年 4 月 21 日。平台信息在主题标签中标注为 GPL20301，物种标注为 9606（人类）。源站未提供具体的样本采集地点、伦理审批信息及测序机构等细节。

【适用场景】

该数据集适用于白血病免疫微环境相关的研究场景，包括比较 B-ALL 患者在诊断、缓解和复发不同阶段骨髓免疫群体的转录组差异，分析疾病演进过程中免疫细胞组成与状态的变化，以及将患者样本与健康骨髓供者样本进行对照研究。由于采用单细胞 RNA-seq 技术，该数据可用于探索骨髓中不同免疫细胞亚群的表达特征。此外，该数据也可作为方法学验证或生物信息学流程测试的输入数据，用于单细胞表达谱的读取、质控与下游分析。源站未提供该数据集在其他具体研究中的使用记录。

【使用方法】

使用该数据集时，首先需要下载数据文件 GSE130116_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，读取前需按相应格式进行解压或直接以压缩流方式解析。建议先在小样本上核对字段结构与编码方式，确认数据读取无误后，再进行批量接入和后续分析。由于数据集仅提供一个系列矩阵文件，使用时应结合单细胞 RNA-seq 分析的一般流程，对表达数据进行质控、归一化和细胞群体注释等处理。源站未提供配套的分析代码、注释文件或详细的处理参数。

【质量与限制】

该数据集基于高通量单细胞测序平台产生，具备单细胞分辨率的表达谱信息，样本设计覆盖匹配的诊断、缓解和复发阶段并设置健康供者对照，具有一定的研究价值。但数据集仅包含 1 个系列矩阵文件，源站未提供原始测序数据、细胞质控指标、测序深度或批次信息等细节，使用者在进行深入分析前需自行评估数据质量。此外，源站未提供样本量、临床信息及平台参数的完整说明，相关限制需结合原始 GEO 记录进一步确认。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Matthew T. Witkowski，来源站为 NCBI GEO。源站未提供具体的引用文献列表、数据使用许可条款或分发限制说明，使用者在引用或再利用该数据时应遵循 NCBI GEO 的相关政策，并建议查阅源站记录以获取最新的引用与许可信息。