T细胞淋巴瘤中NKL同源盒基因表达失调数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE128302

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

同源盒基因编码转录因子，调控胚胎发育过程中及成年期细胞分化的基本过程。近期，我们报道了NKL代码，该代码描述了九个NKL同源盒基因在早期造血及淋巴细胞生成中的生理表达模式，包括T细胞、B细胞和NK细胞发育的主要阶段。NKL同源盒基因的异常活性参与血液系统恶性肿瘤的发生，包括T细胞白血病。在此，我们搜寻了T细胞淋巴瘤主要类型中失调的NKL同源盒基因，包括外周T细胞淋巴瘤（PTCL）、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）、间变性大细胞淋巴瘤（ALCL）、成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）、肝脾T细胞淋巴瘤（HSTL）以及NK/T细胞淋巴瘤（NKTL）。我们的数据揭示，在所有类型中总共存在19个异常过表达的基因，表明失调的NKL同源盒基因在T细胞淋巴瘤中同样发挥重要作用。为进行详细分析，我们聚焦于NKL同源盒基因MSX1，该基因通常在NK细胞中表达，并在T细胞白血病中被异常激活。

该基因在部分HSTL患者及HSTL来源的姐妹细胞系DERL-2和DERL-7中过表达，这些细胞系被用作鉴定失调机制的模型。我们进行了基因组和表达谱分析及全基因组测序，揭示了突变和失调的候选基因，包括仅在DERL-2中表达的融合基因CD53-PDGFRB。随后的敲低实验构建了一个参与MSX1失调的异常网络，包含染色质因子AUTS2和H3B/H3.1、PDGF和BMP信号通路以及同源盒基因NKX2-2和PITX1。编码AUTS2的基因位于7q11，可能代表HSTL标志性畸变i(7q)的基本靶点。我们的数据表明MSX1在HSTL中兼具致癌和抑癌功能，反映了其在T细胞和NK细胞早期谱系分化中的活性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。