PMA处理人红白血病细胞时间依赖性基因表达数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE12736

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

巨核细胞分化的分子调控机制尚不明确。我们利用可部分重现该过程的人髓系白血病细胞系K562，在佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯（PMA）刺激下，采用Illumina HumanRef-8 Expression Beadchip进行基于微阵列的基因表达谱分析，以鉴定在巨核细胞生成中发挥重要作用的基因。我们在8个时间点获取了时间过程微阵列数据。Illumina HumanRef-8 Expression Beadchip每张芯片包含约超过24,000个转录本。每个时间点均进行重复实验。在此，我们报告了两次独立实验的原始数据。微阵列数据分析后，通过筛选具有显著检测p值的基因，从总共23,920个探针中得到约14,000个探针。使用平均表达值对8个时间点的每个数据集进行分位数归一化。采用K均值聚类方法（k=12）根据特征性时间模式对这些探针进行分类。我们筛选了以时间依赖性方式显示倍数变化的转录因子，以研究与巨核细胞生成相关的基因。

最后，我们可以提出，属于AP1转录因子Fos家族的FosB与巨核细胞生成有关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。