DEN诱导肝细胞癌小鼠基因表达数据
该数据集来自 NCBI GEO（GSE125934），提供 DEN 诱导肝细胞癌小鼠的基因表达芯片数据，用于解析 HLF（hepatic leukemia factor）触发肝细胞癌起始的分子机制
基本信息
资源简介
DEN诱导肝细胞癌小鼠基因表达数据
GSE125934 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集，收录了 DEN 诱导肝细胞癌小鼠的芯片表达谱数据。该数据集围绕 HLF（hepatic leukemia factor）触发肝细胞癌起始的分子机制展开，旨在通过微阵列技术刻画相关基因表达变化。数据集以单个压缩的系列矩阵文件形式提供，适合在肿瘤分子机制研究、肝细胞癌起始过程分析等场景中作为表达谱数据资源使用。以下从背景、内容、来源、用途、方法、局限及引用等方面对该数据集作进一步说明。
【数据集背景】
肝细胞癌（HCC）是常见的恶性肿瘤之一，其起始阶段的分子事件对理解疾病发生发展具有重要意义。该数据集关注的核心问题是 HLF（hepatic leukemia factor）在肝细胞癌起始过程中的作用。源站描述指出，研究者使用微阵列技术来详细刻画 HLF 触发肝细胞癌起始背后的分子机制。数据集以 DEN 诱导的肝细胞癌小鼠为研究对象，通过基因表达谱数据为上述机制研究提供支持。本站将该数据集归类于肿瘤 / 白血病方向，主题标签包含表达谱芯片相关内容，并标注了平台与物种相关的标识信息。
【数据内容】
该数据集提供的是基因表达芯片数据，来源于 DEN 诱导肝细胞癌小鼠模型。数据集文件数量为 1，文件样例为 GSE125934_series_matrix.txt.gz，即一个经 GZIP 压缩的系列矩阵文件。系列矩阵文件通常以表格形式组织样本与基因表达信息，便于后续读取和分析。数据集的英文名称为 GSE125934: Gene expression data from DEN-induced hepatocellular carcinoma mice，源站标题为 Gene expression data from DEN-induced hepatocellular carcinoma mice。主题标签涉及 Expression profiling by array、GPL6246 与 10090，反映了该数据属于芯片表达谱类型，并关联特定的平台与物种标识。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据由作者 Jin、Ding 提供，发布时间为 Jan 31 201。源站描述说明，研究者利用微阵列技术来详细刻画 HLF 触发肝细胞癌起始的分子机制。数据集以 DEN 诱导肝细胞癌小鼠为样本来源，属于表达谱芯片类数据。除上述信息外，关于样本采集的具体流程、实验设计细节与处理步骤，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肝细胞癌起始机制相关的基因表达分析，尤其是围绕 HLF 触发肝细胞癌起始这一研究方向。研究者可将其用于表达谱层面的分子机制探索，例如比较不同条件下的基因表达变化、识别与肝细胞癌起始相关的表达特征等。由于数据来自 DEN 诱导的小鼠肝细胞癌模型，也可用于小鼠肝癌模型的表达谱研究。本站将其归入肿瘤 / 白血病分类，因此也可作为肿瘤相关表达谱数据资源，用于方法验证、分析流程测试或与其他表达谱数据的对照参考。具体分析目标应结合研究设计确定，源站未提供针对特定分析场景的说明。
【使用方法】
使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE125934_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，读取前需按相应格式进行解压或直接以压缩格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据组织方式、样本标识与表达值编码无误后，再批量接入完整数据。由于数据集仅包含一个系列矩阵文件，使用时应以该文件为核心数据源，结合芯片表达谱的通用处理流程进行读取与整理。关于平台注释、样本分组等更细粒度的使用说明，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的文件数量为 1，数据以系列矩阵文件形式提供，未包含其他辅助文件。源站描述较为简要，仅说明使用微阵列技术刻画 HLF 触发肝细胞癌起始的分子机制，未提供样本量、重复数、质控指标或数据处理细节。发布时间标注为 Jan 31 201，年份信息不完整。主题标签中的平台与物种标识可供参考，但具体平台注释与物种信息应以源站记录为准。由于缺乏更详细的实验与质控描述，使用者在分析前应自行核对数据完整性与适用性。除上述内容外，关于数据质量评估与使用限制的更多信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Jin、Ding，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为 GSE125934: Gene expression data from DEN-induced hepatocellular carcinoma mice。使用或引用该数据集时，应注明其来源与作者信息。关于该数据集的具体许可条款与使用条件，源站未提供，使用前应查阅源站相关说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE125934
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们利用微阵列技术详细探究了HLF（肝白血病因子）触发HCC（肝细胞癌）发生的分子机制。我们对来自HLF缺陷型小鼠或WT（野生型）小鼠的DEN（二乙基亚硝胺）诱导的HCC进行了转录组微阵列分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
