AML分类meta分析Bonn数据集3 RNAseq数据集

该数据集是急性髓系白血病(AML)分类大型meta研究中的第3号子集,来源于NCBI,包含1181个样本的标准化基因表达值,基于高通量测序的表达谱数据

geo
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基因组分类9606
GSE122515: Bonn Dataset 3 of meta-analysis on AML classification, RNAseq dataset

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

AML分类meta分析Bonn数据集3 RNAseq数据集

GSE122515 即“Bonn Dataset 3”,是一项关于急性髓系白血病(AML)分类的大型 meta 研究中的第 3 号子集,属于 RNAseq 数据集,来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)。该数据集提供标准化基因表达值,共包含 1181 个样本,基于高通量测序的表达谱数据,主题归类为表达谱分析(Expression profiling by high throughput sequencing),物种标签为 9606(即人类)。在本站分类中,它被归入肿瘤 / 白血病方向。该数据集由 Stefanie Warnat-Herresthal 发布,发布时间为 2019 年 11 月 14 日。整体而言,它是一个面向 AML 分子分类研究的高通量转录组表达谱资源,适合作为白血病分类、表达模式比较等分析的数据基础。

【数据集背景】

该数据集是围绕急性髓系白血病分类开展的一项大型 meta 研究的组成部分,在其中被标识为“dataset 3”。该 meta 研究的核心关注点是 AML 的分类问题,本数据集作为其中的一个子集,承担该研究方向下的一部分样本与表达数据。源站标题明确将其描述为“Bonn Dataset 3 of meta-analysis on AML classification, RNAseq dataset”,说明其与波恩(Bonn)相关的数据系列以及 meta 分析框架存在关联。该数据集所属的疾病领域为白血病,本站将其归入肿瘤 / 白血病分类之下。

【数据内容】

该数据集包含 1181 个样本的标准化基因表达值。数据性质为基因表达谱,测定方式属于高通量测序(RNAseq)。主题标签为“Expression profiling by high throughput sequencing”,物种标签为 9606,即人类。除上述内容外,关于具体基因数量、样本分组构成、表达值归一化方法等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),源站标题为“Bonn Dataset 3 of meta-analysis on AML classification, RNAseq dataset”。数据集英文名为“GSE122515: Bonn Dataset 3 of meta-analysis on AML classification, RNAseq dataset”。作者为 Stefanie Warnat-Herresthal,发布时间为 2019 年 11 月 14 日。关于样本采集地点、采集时间跨度、测序平台型号与试剂等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其作为 AML 分类 meta 研究子集的定位以及标准化基因表达值的构成,该数据集可用于急性髓系白血病分类相关的表达谱分析,例如作为分类模型的训练或验证数据、与其他 AML 表达数据集联合开展 meta 分析、比较样本间的基因表达模式等。其高通量测序表达谱属性也使其适用于转录组层面的差异表达与模式识别类研究。关于该数据集在原始研究中具体支持的结论或验证任务,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以标准化基因表达值的形式提供,使用者可将其作为表达矩阵用于下游分析。由于其为 meta 研究的子集,通常可与其他 AML 分类数据集配合使用。关于数据下载方式、文件格式、配套注释文件以及是否提供预处理脚本等具体使用细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集提供的是标准化后的基因表达值,样本量为 1181。作为 meta 研究的一个子集,其覆盖范围限于该 meta 研究框架下的相应部分。关于数据质量评估指标、批次效应处理情况、样本纳入排除标准以及潜在偏倚等信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Stefanie Warnat-Herresthal,发布时间为 2019 年 11 月 14 日,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用文献、数据使用许可条款及再分发限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE122515

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集(“数据集3”)是一项关于AML分类的大型荟萃研究的子集。它包含1181个样本的标准化基因表达值。总共生成了三个数据集,每个数据集包含来自不同平台的数据:数据集1(Affymetrix HG-U133 A微阵列)、数据集2(Affymetrix HG-U133 2.0微阵列)和数据集3(RNA-seq)。数据集3采用以下策略生成:对2017年9月20日在美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库(GEO)中发表的所有数据集进行审查,以纳入本研究。纳入的基本标准为所研究的细胞类型(人外周血单个核细胞(PMBCs)和/或骨髓样本)以及物种(Homo sapiens)。此外,排除GEO SuperSeries以避免样本重复。我们筛选出采用高通量RNA测序(RNA-seq)生成的数据集,并排除样本量非常小的研究(< 10个样本)。随后我们进行了疾病特异性检索,筛选出急性髓系白血病、其他白血病以及健康或非白血病相关样本。

随后对该检索策略的结果进行了内部审查,并依据以下标准排除数据:(i) 排除重复样本;(ii) 排除在基因表达谱分析前分选单一细胞类型(如T细胞或B细胞)的研究;(iii) 排除数据无法获取的研究。除此之外,我们的分析未排除任何研究。总体而言,数据集包含来自以下GSE系列(GSE Series)的样本:GSE63085、GSE32874、GSE58335、GSE86884、GSE63703、GSE63646、GSE63816、GSE72790、GSE81259、GSE85712、GSE45735、GSE64655、GSE87186、GSE49642、GSE52656、GSE62190、GSE66917、GSE67039、GSE61162、GSE67184、GSE49601、GSE78785、GSE79970。所有原始数据文件均从GEO下载。转录本丰度使用kallisto 0.43.0版本计算,所有数据均使用R包DE进行标准化

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