AML分类meta分析Bonn数据集2,Affymetrix HG-U133 2.0

该数据集为AML分类大型meta研究中的“数据集2”,采用Affymetrix HG-U133 2.0平台进行表达谱芯片检测,属于肿瘤/白血病范畴

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基因组分类Expression profiling by array9606
GSE122511: Bonn Dataset 2 of meta-analysis on AML classification, Affymetrix HG-U133 2.0

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

AML分类meta分析Bonn数据集2,Affymetrix HG-U133 2.0

GSE122511 即 Bonn Dataset 2,是围绕急性髓系白血病(AML)分类开展的一项大型 meta 研究中的第二个数据集,采用 Affymetrix HG-U133 2.0 平台进行表达谱芯片检测,归属于肿瘤/白血病范畴。该数据集由 Stefanie Warnat-Herresthal 提交,发布于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),主题标签为表达谱芯片(Expression profiling by array)与人类(9606)。作为 meta 研究的一个组成部分,它的价值在于为 AML 分类研究提供一份可与其他数据集联合分析的表达谱资源,服务于白血病分子分型相关的方法学探索与验证。

【数据集背景】

该数据集源自一项针对 AML 分类的大型 meta 研究。源站说明指出,本数据集(“dataset 2”)是这一大型 meta 研究的一个子集。AML 分类研究通常关注如何依据基因表达特征区分不同的白血病亚型或相关样本组,而 meta 研究通过汇总多个独立数据集,力图获得更稳健、更具可推广性的分类结论。Bonn Dataset 2 在这一框架中承担其中一个数据子集的角色,其命名中的“Bonn”与“Dataset 2”共同标识了它在 meta 研究中的来源与序号。

【数据内容】

该数据集属于表达谱芯片数据,检测平台为 Affymetrix HG-U133 2.0。主题标签表明其数据类型为“Expression profiling by array”,物种标签为 9606,即人类。本站将其归类为肿瘤/白血病。除上述平台、数据类型与疾病范畴信息外,源站未提供关于样本数量、分组构成、基因数量或具体临床注释的进一步说明。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),源站标题为“Bonn Dataset 2 of meta-analysis on AML classification, Affymetrix HG-U133 2.0”。提交者为 Stefanie Warnat-Herresthal,发布时间为 Nov 14 201。数据通过 Affymetrix HG-U133 2.0 芯片平台产生,属于表达谱芯片检测。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批及具体实验流程,源站未提供。

【适用场景】

基于其作为 AML 分类 meta 研究子集的定位,该数据集适用于白血病分子分类相关的研究场景,例如作为多数据集联合分析中的一份表达谱输入,或用于分类方法在不同数据来源之间的比较与验证。其肿瘤/白血病属性也使其可用于白血病表达谱层面的探索性分析。具体到某一类分析任务是否适用,需结合源站未提供的样本组成与注释信息自行判断。

【使用方法】

该数据集以表达谱芯片数据形式提供,使用时应按 Affymetrix HG-U133 2.0 平台的常规芯片数据处理流程进行,包括原始数据获取、预处理与表达值计算等步骤。由于其为 meta 研究中的子集,通常需与其他数据集配合,在统一的分析框架下进行联合建模或比较。关于具体的下载方式、文件组织与预处理参数,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集是大型 meta 研究的一个子集,其覆盖范围受原始 meta 研究设计所限定。源站未提供样本量、数据完整性、批次效应评估或质控指标等信息,因此无法据此对其质量作出具体判断。使用时应注意其作为子集数据的局部性,避免将基于该子集得出的结论直接外推至全部 AML 人群。

【引用与许可】

该数据集的提交者为 Stefanie Warnat-Herresthal,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用文献、数据使用许可条款及再分发限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE122511

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集(“数据集2”)是一项关于AML分类的大型荟萃研究的子集。总共生成了三个数据集,每个数据集包含来自不同平台的数据:数据集1(Affymetrix HG-U133 A微阵列)、数据集2(Affymetrix HG-U133 2.0微阵列)和数据集3(RNA-seq)。数据集2采用以下策略生成:对2017年9月20日在美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库(GEO)中发表的所有数据集进行审查以确定是否纳入。纳入的基本标准是所研究的细胞类型(人外周血单个核细胞(PMBCs)和/或骨髓样本)以及物种(智人)。此外,排除GEO SuperSeries以避免样本重复。我们筛选出使用Affymetrix人类基因组U133 Plus 2.0阵列(GLP570)生成的数据集,并排除了样本量较小的研究(< 50个样本)。随后,我们进行了疾病特异性检索,筛选出急性髓系白血病、其他白血病以及健康或非白血病相关样本。

随后对该检索策略的结果进行了内部审查,并依据以下标准排除数据:(i)排除重复样本;(ii)排除在基因表达谱分析前分选单一细胞类型(如T细胞或B细胞)的研究;(iii)排除数据无法获取的研究。除此之外,我们的分析未排除任何研究。总体而言,这些数据集包含来自以下GSE系列(GSE Series)的样本:GSE12417、GSE25571、GSE37642、GSE6269、GSE67684、GSE10358、GSE10792、GSE11083、GSE12187、GSE12662、GSE13159、GSE13351、GSE13501、GSE13576、GSE14062、GSE14468、GSE14615、GSE15061、GSE15434、GSE16015、GSE16214、GSE17855、GSE18323、GSE18497、GSE19314、GSE21029、GSE21261、GSE21545、GSE22707、GSE22762、GSE22845、GSE26713、GSE27383、GSE27562、GSE28460、GSE34205、GSE35784、GSE42038、GSE42057、GSE43777、GSE46480、GSE47051、GSE49695、GSE50772、GSE60926、GSE61804、GSE621

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