AML分类meta分析Bonn数据集1 Affymetrix HG-U133 A

该数据集为一项关于急性髓系白血病(AML)分类的大型meta研究的子集,来源于NCBI,采用Affymetrix HG-U133 A平台进行表达谱芯片检测

geo
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时间序列分类Expression profiling by array9606
GSE122505: Bonn Dataset 1 of meta-analysis on AML classification, Affymetrix HG-U133 A

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

AML分类meta分析Bonn数据集1 Affymetrix HG-U133 A

GSE122505 即“Bonn Dataset 1 of meta-analysis on AML classification, Affymetrix HG-U133 A”,是一项围绕急性髓系白血病(AML)分类开展的大型 meta 研究的子集,由 Stefanie Warnat-Herresthal 提交,来源为 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),发布时间为 2019 年 11 月 14 日。该数据集采用 Affymetrix HG-U133 A 平台进行基因表达谱芯片检测,主题标签为表达谱芯片(Expression profiling by array)与人类(9606),在本站归类于肿瘤/白血病方向。作为 meta 分析中的“数据集 1”,它为 AML 分类研究提供了一个可复用的表达谱数据单元,适合与其他 AML 表达谱数据联合分析或作为独立验证资源使用。

【数据集背景】

该数据集源站标题为“Bonn Dataset 1 of meta-analysis on AML classification, Affymetrix HG-U133 A”,其定位是一项关于 AML 分类的大型 meta 研究中的第一个子集。源站描述明确指出,该数据集是“一项关于 AML 分类的大型 meta 研究的子集”。因此其设计初衷并非独立的单一队列研究,而是服务于跨数据集整合的 meta 分析框架,用于支撑 AML 分类相关的方法学比较与验证。作者为 Stefanie Warnat-Herresthal,发布时间为 2019 年 11 月 14 日。

【数据内容】

该数据集属于基因表达谱芯片数据,检测平台为 Affymetrix HG-U133 A。主题标签包括“Expression profiling by array”和“9606”,前者表明数据由微阵列表达谱实验产生,后者对应人类物种分类标识。数据集在本站被归类为肿瘤/白血病方向,与其 AML 分类研究的主题一致。关于样本数量、分组构成、基因数目、临床注释字段等具体内容,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),以 GSE122505 编号登记,源站标题为“Bonn Dataset 1 of meta-analysis on AML classification, Affymetrix HG-U133 A”。作者为 Stefanie Warnat-Herresthal,发布时间为 2019 年 11 月 14 日。数据通过 Affymetrix HG-U133 A 平台采集表达谱信号。关于样本采集地点、伦理审批、供者来源与处理流程等细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其作为 AML 分类 meta 研究子集的定位,该数据集可用于 AML 分类相关的表达谱分析,例如作为 meta 分析中的组成数据集参与跨平台或跨队列整合,或用于分类方法在独立数据上的验证与比较。其 Affymetrix HG-U133 A 平台属性也使其适合与同平台或经平台间标准化处理后的表达谱数据联合使用。关于具体的基准任务、评价指标或已验证的下游应用,源站未提供。

【使用方法】

使用时应将其视为 meta 分析框架下的一个子集,按照表达谱芯片数据的常规流程进行预处理与标准化,并在跨数据集整合时注意平台差异与批次效应。由于源站未提供样本分组、注释文件与预处理参数等细节,实际分析前需回到源站获取相应说明。关于推荐的分析流程、标准化方法与代码,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为大型 meta 研究的子集,其覆盖范围受原始 meta 研究设计约束,不宜单独代表全部 AML 表达谱数据。平台为较早期的 Affymetrix HG-U133 A,与其他平台数据整合时需考虑探针注释与标准化差异。关于样本量、数据完整性、质控结果与已知偏差,源站未提供。

【引用与许可】

引用时应参照源站 GSE122505 的登记信息,标注标题“Bonn Dataset 1 of meta-analysis on AML classification, Affymetrix HG-U133 A”及作者 Stefanie Warnat-Herresthal。关于数据许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE122505

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集(“数据集1”)是一项关于AML分类的大型荟萃研究的子集。总共生成了三个数据集,每个数据集包含不同平台的数据:数据集1(Affymetrix HG-U133 A微阵列)、数据集2(Affymetrix HG-U133 2.0微阵列)和数据集3(RNA-seq)。数据集1采用以下策略生成:对2017年9月20日发布于美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库(GEO)的所有数据集进行审查,以纳入本研究。纳入的基本标准为所研究的细胞类型(人外周血单个核细胞(PMBCs)和/或骨髓样本)以及物种(Homo sapiens)。此外,排除GEO SuperSeries以避免样本重复。我们筛选出使用Affymetrix Human Genome U133 A Array(GLP96)生成的数据集,并排除样本量较小的研究(< 50个样本)。随后我们进行了疾病特异性检索,筛选出急性髓系白血病、其他白血病以及健康或非白血病相关样本。

随后对该检索策略的结果进行了内部审查,并依据以下标准剔除数据:(i) 剔除重复样本;(ii) 剔除在基因表达谱分析前分选单一细胞类型(如T细胞或B细胞)的研究;(iii) 剔除数据无法获取的研究。除此之外,我们的分析未剔除任何研究。总体而言,数据集包含来自以下GSE系列(GSE Series)的样本:GSE10255、GSE1159、GSE12417、GSE12995、GSE13425、GSE14471、GSE14895、GSE16129、GSE25571、GSE26281、GSE33315、GSE34860、GSE37642、GSE43176、GSE4698、GSE51082、GSE6269、GSE67684、GSE83449、GSE8879、GSE9006、GSE9476。所有CEL文件均从GEO下载并导入R。使用R包affy计算了稳健多芯片平均(Robust Multichip Average,RMA)表达量。

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