小鼠红系分化深度蛋白质组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE120379

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

解析细胞蛋白质组对于我们理解红细胞生成至关重要。为了更好地理解常用的红细胞生成模型，我们对培养的原代小鼠骨髓来源红系祖细胞在红系分化全过程中表达的蛋白质进行了绝对定量。这些数据与来自Friend小鼠红白血病（MEL）、G1ER和MEDEP细胞的蛋白质组进行了比较。总体而言，在这些小鼠红细胞生成模型中的至少一种中，超过7200种蛋白质被定量。MEDEP细胞分化过程中的蛋白质表达与分化中的原代小鼠红系细胞最为相似，而Friend MEL和G1ER细胞的蛋白质组则关系较远。小鼠和人类红系祖细胞蛋白质组的比较揭示了物种相关的变异性，但这些差异并不像比较红系分化过程中人类和小鼠转录组时所观察到的差异那样显著。为了在功能上验证转录和翻译控制之间的差异，我们在MEDEP细胞中抑制了血红素合成，并检测了其对转录组和蛋白质组的影响。

尽管血红素缺乏对细胞蛋白质组的整体影响很小，但珠蛋白显著下调，这支持了血红素对珠蛋白合成的调控在蛋白质水平上受到严格调控以避免珠蛋白链有害过度产生的观察结果。正如预测的那样，血红素缺乏导致δ-氨基乙酰丙酸合酶2（Alas2）蛋白上调。有趣的是，Alas1在转录和蛋白质水平上均上调。表征红细胞生成过程中的细胞蛋白质组具有潜力，既可深入了解人类疾病的机制原理，也可揭示新的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。