犬与人源体外模型暴露于G-四链体结合小分子的全转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE120272

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

G-四链体（G4）是与基因组不稳定性和癌症进展相关的二级核酸结构。当G4结构存在于某些癌基因的启动子中时，可影响基因调控，因而可能成为治疗靶点。本研究采用RNA-Seq技术，探讨一种名为AQ1的G4结合蒽醌衍生物对两种常用于研究KIT通路的人类肥大细胞白血病细胞（HMC1.2）和犬肥大细胞瘤细胞（C2）全转录组谱的影响。AQ1的最高非细胞毒性剂量（2 µM）在HMC1.2和C2细胞中分别导致5441个和1201个差异表达基因。在两种细胞系中，AQ1处理组中细胞周期进程、KIT相关和MYC相关等主要通路呈负向富集，而p53、凋亡和缺氧相关等其他通路则呈正向富集。这些发现表明，AQ1处理在人类和犬类细胞模型中诱导了相似的功能反应，并为将犬作为研究G4结合化合物的可靠转化模型提供了新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。