SF3B1调控导致慢性淋巴细胞白血病全局内含子保留及B细胞受体通路下调

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE114514

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

剪接因子SF3B1在慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者中频繁突变，并已被提出作为潜在的治疗靶点。在本研究中，我们进行了RNA-seq分析，以评估SF3B1调节剂sudemycin D6 (SD6)对选择性剪接的整体影响。我们的分析显示，SD6处理的CLL细胞中整体内含子保留显著增加。对与内含子保留增加相关的基因进行通路分析表明，B细胞受体(BCR)、蛋白质泛素化和PI3K信号通路是受SD6影响的主要经典通路之一。内含子保留的增加与受影响的BCR/PI3K通路分子(如BLNK、BTK、AKT1、PLCγ2和PI3Kδ)的mRNA和蛋白质水平下降呈负相关。SD6还在MCL1的mRNA中诱导了时间依赖性的外显子跳跃事件，并导致另一个抗凋亡基因TRAF1的显著下调，这可能有助于SD6诱导的细胞凋亡。

最后，SD6能够克服促生存和促生长信号，并与依鲁替尼、艾代拉利布和维奈托克协同作用，在骨髓基质细胞共培养及存在T细胞来源细胞因子的条件下诱导原代CLL细胞凋亡。累积而言，这些结果为基于剪接体调节剂的剪接体调节剂及联合疗法在CLL中的未来临床开发提供了强有力的依据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。