哺乳动物mRNA内部N7-甲基鸟苷甲基化转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE112276

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

N7-甲基鸟苷（m7G）是真核生物mRNA 5′帽端的一种带正电荷的重要修饰，调控mRNA的出核、翻译和剪接。m7G也存在于tRNA和rRNA内部，但其在真核生物mRNA中的存在与分布仍有待研究。在此，我们展示了哺乳动物mRNA中存在内部m7G位点。随后，我们利用m7G-MeRIP测序（MeRIP-seq）对内部m7G甲基化组进行了转录组范围的图谱分析。为了在单碱基分辨率上定位该修饰，我们开发了一种化学辅助测序方法，可选择性地将内部m7G位点转化为脱碱基位点，从而在逆转录过程中在这些位点诱导错误掺入。这种碱基分辨率的m7G-seq实现了对人tRNA和mRNA中m7G的转录组范围定位，揭示了人细胞中内部m7G甲基化组的分布特征。我们还鉴定出METTL1是一种甲基转移酶，负责在mRNA中安装一部分m7G，并表明内部m7G甲基化可影响mRNA翻译。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。