急性髓系白血病全基因组DNA甲基化图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-18700

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们假设DNA甲基化在癌细胞中分布为特定模式，这些模式反映了关键的生物学差异。因此，我们研究了344名急性髓系白血病（AML）患者的甲基化谱。基于甲基化数据对这些患者进行聚类，将患者分为16组。其中五组定义了新的AML亚型，这些亚型没有其他已知的共同特征。此外，DNA甲基化谱将携带CEBPA异常的患者与其他类型的白血病患者区分开来，定义了四种表观遗传上不同的NPM1突变AML形式，并显示已确立的AML1-ETO、CBFb-MYH11和PML-RARA白血病实体与特定的甲基化谱相关。我们报告了一个15基因甲基化分类器，在一个独立的患者队列中预测总生存期（p<0.001，已根据已知协变量进行调整）。关键词：DNA甲基化谱分析 对来自Erasmus医学中心并参与荷兰-德国合作组HOVON临床试验的344名AML患者队列进行DNA甲基化谱分析。此外，还研究了一个由8份健康供者CD34+骨髓样本组成的对照组。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。