CEBPA突变与CEBPA沉默型AML的全基因组DNA甲基化数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-14417

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性髓系白血病（AML）在分子和生物学层面是一种异质性疾病，即使具有特定基因表达谱的患者也可能表现出临床和分子层面的异质性。我们研究了一组具有共同基因表达谱但存在差异的患者的表观遗传学特征，其中仅半数患者携带CEBPA位点突变，其余患者则表现为该基因沉默并共表达某些T细胞标志物。DNA甲基化研究表明，仅基于DNA甲基化谱即可通过无监督方式将这两组患者轻易区分开来。此外，CEBPA沉默与异常DNA高甲基化特征的存在相关，而该特征在CEBPA突变组中并不存在。这种异常高甲基化更频繁地发生于CpG岛内的位点。与正常CD34+造血细胞相比，CEBPA沉默的白血病也显示出显著的高甲基化，而与这些正常祖细胞相比，CEBPA突变病例的DNA甲基化仅显示轻微变化。

在生物学上，CEBPA沉默的白血病在体外对髓系生长因子的反应减弱。关键词：DNA甲基化谱分析 直接比较8例携带CEBPA突变的急性髓系白血病（AML）患者与8例无CEBPA突变但CEBPA表达沉默的AML患者白血病原始细胞的DNA甲基化。纳入两个对照组：8份来自健康供体的CD34+骨髓样本和9份T急性淋巴细胞白血病（T-ALL）患者样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。