儿童T细胞急性淋巴细胞白血病基于基因的结局预测
该数据集来源于omicsdi.org,属于肿瘤/白血病分类下的转录组学数据。数据来自50例儿童T细胞急性淋巴细胞白血病患者的诊断期骨髓标本,经Affymetrix微阵列分析RNA表达谱,用于构建预测临床结局的基因分类器模型

基本信息
资源简介
儿童T细胞急性淋巴细胞白血病基于基因的结局预测
该数据集英文名为 Gene based outcome prediction in pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia,来源于 omicsdi.org,在肿瘤/白血病分类下属于转录组学数据。其核心内容是对50例儿童T细胞急性淋巴细胞白血病患者的诊断期骨髓标本进行RNA提取,并借助Affymetrix微阵列分析基因表达谱,目的是构建能够预测临床结局的基因分类器模型。该数据集将转录组学测量与临床结局预测问题相结合,为研究儿童T细胞急性淋巴细胞白血病的分子分型与预后相关基因特征提供了原始表达谱资源,主题标签为 Transcriptomics。
【数据集背景】
儿童T细胞急性淋巴细胞白血病是一种需要精细风险分层与预后判断的血液系统恶性肿瘤。临床结局的预测对于治疗策略选择和患者管理具有重要意义。该数据集正是围绕这一需求而建立:通过对诊断期骨髓标本的基因表达进行系统测量,探索以基因表达特征构建预测临床结局的分类器模型。其研究定位属于转录组学层面,关注的是基因表达谱与临床结局之间的关联建模,而非单一基因或单一临床指标的分析。
【数据内容】
数据集的内容主体为50例儿童T细胞急性淋巴细胞白血病患者的诊断期骨髓标本所对应的RNA表达谱数据,测量平台为Affymetrix微阵列。数据围绕基因表达水平展开,服务于基因分类器的构建与临床结局预测建模。主题标签为 Transcriptomics,表明其数据类型属于转录组学范畴。除上述样本数量、标本类型、检测平台与建模目的外,源站未提供关于基因数量、具体临床结局变量、随访信息或数据文件结构的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。根据源站描述,RNA是从50例儿童T细胞急性淋巴细胞白血病患者的诊断期骨髓标本中提取的,随后通过Affymetrix微阵列进行分析。标本采集时点为诊断期,标本类型为骨髓,检测对象为RNA,检测手段为微阵列表达谱分析。数据集的分类归属为肿瘤/白血病,主题方向为转录组学。关于样本采集的具体机构、伦理审批信息、患者人口学特征及临床随访细节,源站未提供。
【适用场景】
基于其内容与设计目的,该数据集适用于转录组学层面的基因表达分析,尤其是围绕儿童T细胞急性淋巴细胞白血病临床结局预测的基因分类器建模研究。潜在用途包括:利用诊断期骨髓标本的表达谱探索与临床结局相关的基因表达模式;构建和评估预测临床结局的分类模型;以及作为转录组学数据资源用于白血病分子特征的方法学研究。需要说明的是,上述适用方向均以源站描述的建模目的为依据,源站未提供具体的分析流程、验证结果或应用案例。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用说明,包括数据获取方式、文件格式、预处理步骤、标准化方法、配套临床结局标签的获取途径以及分析代码等。使用者需依据来源站 omicsdi.org 的相应条目自行确认数据访问与使用条件。
【质量与限制】
该数据集样本量为50例儿童患者,标本为诊断期骨髓,检测平台为Affymetrix微阵列,这些构成了数据的基本规模与平台特征。其限制方面,源站未提供关于数据质量控制指标、缺失值情况、批次效应评估、临床结局标签完整性或外部验证结果的信息。由于数据集聚焦于单一疾病类型与单一标本时点,其结论的外推范围需结合具体研究设计判断,源站未就此提供说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用条款信息。如需引用或再利用,应查阅 omicsdi.org 上该数据集条目所附的相关说明。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
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提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-1205
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
从50例儿童T细胞急性淋巴细胞白血病患者的诊断性骨髓标本中提取RNA,并采用Affymetrix微阵列进行分析,以构建可预测临床结局的基因分类器模型。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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