小鼠白血病干细胞系的表观基因组图谱研究（ChIP-seq）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-71474

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DNA甲基转移酶3A（DNMT3A）在多种造血系统恶性肿瘤中频繁发生突变；然而，其潜在的致癌机制仍不明确。在此，我们报告，DNMT3A突变“热点”Arg882（DNMT3A-R882H）与持续激活的RAS协同作用，在体外转化小鼠造血干/祖细胞（HSPCs），并在体内诱导急性白血病。DNMT3A-R882H增强了“干性”基因表达程序的异常反式激活，尤其是转录因子Meis1、Hox-A、Mn1和Mycn。机制上，R882突变的DNMT3A直接结合这些基因的顺式调控元件，并诱导局灶性CpG低甲基化，这与在携带DNMT3A R882突变的人类白血病中观察到的情况相似。此外，DNMT3A-R882H诱导的DNA低甲基化促进了基因增强子/启动子激活以及Dot1l相关转录延伸机制的招募。Dot1l的失活抑制了DNMT3A-R882H介导的干细胞基因失调和急性白血病生成能力。

在本数据集中，我们提供了RH-RAS LSCs中R882H突变的DNMT3A、H3K4me1、H3K4me3和H3K27me3的ChIP-seq图谱数据，以及HOXA9-MEIS1 LSCs中的H3K4me1 ChIP-seq数据。通过使用特异性抗体在RH-RAS LSCs中进行ChIP-seq，我们生成了R882H突变的DNMT3A（Myc标记；使用9e10抗Myc抗体进行ChIP-seq）的全基因组结合图谱以及H3K4me1、H3K4me3和H3K27me3的组蛋白修饰图谱。在HOXA9-MEIS1 LSCs中，利用H3K4me1特异性抗体通过ChIP-seq生成了全基因组H3K4me1组蛋白修饰图谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。