独特的基质细胞群体定义B细胞急性淋巴细胞白血病微环境
数据覆盖儿童 B-ALL 患者骨髓穿刺样本，可用于研究骨髓微环境的细胞异质性及基质细胞群体（来源 DOI 解析，Creative Commons Attri
基本信息
资源简介
独特的基质细胞群体定义B细胞急性淋巴细胞白血病微环境
该数据集题为 Distinct Stromal Cell Populations Define the B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia Microenvironment，属于肿瘤/白血病分类，来源于 doi.org，由 Mauricio N. Ferrao Blanco 等作者发布，机构为 Zenodo，发布时间为 2025 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，主题标签为细胞生物学。数据覆盖儿童 B-ALL 患者骨髓穿刺样本，可用于研究骨髓微环境的细胞异质性及基质细胞群体。数据集包含处理后单细胞 RNA 测序数据、整合 scRNA-seq 数据集的 Seurat 元数据对象，以及空间转录组数据的 Xenium 对象，为探索 B-ALL 骨髓微环境中的细胞组成提供了多层次的转录组与空间信息基础。
【数据集背景】
骨 marrow 微环境在 B 细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）进展中发挥关键作用，但其细胞异质性仍未被充分理解。该研究利用单细胞 RNA 测序对儿童 B-ALL 患者的骨髓穿刺样本进行分析，识别出两个不同的基质细胞群体，从而为理解白血病微环境提供了新的视角。数据集正是围绕这一研究目标产生的配套数据资源，服务于对骨髓微环境中细胞群体构成及其空间组织的深入探究。
【数据内容】
数据集包含多个层次的内容：其一为处理后单细胞 RNA 测序数据，以 10X Genomics CellRanger 输出形式提供，每个样本包含 barcodes.tsv、genes.tsv 与 matrix.mtx 文件；其二为整合 scRNA-seq 数据集的 Seurat 元数据对象；其三为空间转录组数据的 Xenium 对象。这些内容共同覆盖了从单细胞转录组定量到整合分析对象，再到空间转录组对象的不同数据形态，便于研究者从表达矩阵、细胞元数据与空间位置等多个维度开展分析。
【采集与来源】
数据来源于 doi.org，原始研究基于儿童 B-ALL 患者的骨髓穿刺样本，采用单细胞 RNA 测序技术进行检测。研究作者包括 Mauricio N. Ferrao Blanco、Bexultan Kazybay、Mirjam Belderbos、Olaf Heidenreich 与 Hermann Josef Vormoor，所属机构为荷兰乌得勒支的 Princess Máxima Center for Pediatric Oncology 以及 University Medical Center Utrecht。数据由 Zenodo 发布，发布时间为 2025 年。
【适用场景】
该数据集适用于研究儿童 B-ALL 骨髓微环境的细胞异质性，特别是基质细胞群体的识别与刻画；也可用于单细胞转录组数据的整合分析、细胞类型注释与元数据层面的探索，以及借助 Xenium 对象开展空间转录组层面的细胞空间分布研究。主题标签为细胞生物学，表明其适用范围集中在细胞层面的生物学研究。
【使用方法】
使用者可基于每个样本的 CellRanger 输出文件（barcodes.tsv、genes.tsv、matrix.mtx）进行单细胞表达矩阵的读取与下游分析；可利用整合 scRNA-seq 数据集的 Seurat 对象直接开展细胞聚类、注释与可视化等分析；还可使用 Xenium 对象进行空间转录组数据的空间分布与组织架构分析。具体分析流程与参数设置源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、样本数量、测序深度、细胞数量或批次效应处理等方面的具体信息。数据为处理后数据，原始测序数据是否提供源站未提供。使用时应结合源站描述与原始研究文献确认适用范围与潜在限制。
【引用与许可】
数据采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，使用时需按照该许可要求进行署名。引用时应参考原始研究 Distinct Stromal Cell Populations Define the B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia Microenvironment 及其作者信息，具体引用格式源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.13755294
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 3.29 GB。
数据说明
来自该研究的处理后单细胞RNA测序数据：每个样本的10X Genomics CellRanger输出（barcodes.tsv、genes.tsv、matrix.mtx）。元数据：整合scRNAseq数据集的Seurat对象。空间转录组数据的Xenium对象。独特的基质细胞群体界定B细胞急性淋巴细胞白血病微环境。Mauricio N. Ferrao Blanco1、Bexultan Kazybay1、Mirjam Belderbos1、Olaf Heidenreich1、Hermann Josef Vormoor1,2。1 荷兰乌得勒支Princess Máxima儿童肿瘤中心；2 荷兰乌得勒支大学医学中心。摘要：骨髓微环境在B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）进展中发挥关键作用，然而其细胞异质性仍知之甚少。通过对儿童B-ALL患者骨髓穿刺液来源样本进行单细胞RNA测序，我们鉴定出两种不同的间充质基质细胞（MSC）群体：早期间充质祖细胞和脂肪生成祖细胞。空间转录组分析进一步揭示了这些细胞类型的定位，并鉴定出第三种基质细胞群体——成骨谱系细胞，该群体仅存在于骨髓活检样本中。
使用从B-ALL患者骨髓穿刺液中分选出的基质细胞群进行的功能性离体实验表明，早期间充质祖细胞和脂肪源性祖细胞均分泌包括CXCL12和骨桥蛋白在内的关键微环境支持因子，并支持白血病细胞存活和化疗耐药。转录组分析显示，B-ALL细胞与不同基质亚型的相互作用方式不同。值得注意的是，脂肪源性祖细胞而非早期间充质祖细胞通过白细胞介素-7和VCAM1信号为白血病细胞提供支持。与健康对照相比，B-ALL患者的基质细胞表现出增强的脂肪源性分化能力。此外，共培养实验表明，B-ALL细胞通过细胞接触-
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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