GSI处理CUTLL1细胞系的lncRNA基因表达特征构建

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-61869

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

T细胞急性淋巴细胞白血病的遗传学研究揭示了致癌突变和功能缺失突变的显著复杂性。在众多基因改变中，NOTCH1激活突变作为最常见的遗传缺陷脱颖而出，在超过50%的T细胞急性淋巴细胞白血病中被检出，支持该基因在T细胞急性淋巴细胞白血病肿瘤发生中的关键驱动作用。本研究旨在建立一个由Notch信号调控的长链非编码RNA转录组的综合汇编。为此，我们利用RNA测序技术，在人T细胞急性淋巴细胞白血病细胞系CUTLL1中，测量了药物性Notch抑制后所有蛋白编码基因和长链非编码RNA的转录反应。对于在体内暴露于Notch信号活性的正常人CD34+胸腺T细胞祖细胞，也建立了类似的Notch依赖性表达谱。

此外，我们从经GSI处理的T-ALL细胞系、离体分离的Notch活性CD34+和Notch非活性CD4+CD8+胸腺细胞，以及一个由15名已知NOTCH1突变状态的T细胞急性淋巴细胞白血病患者组成的原发队列中，生成了长非编码RNA表达谱（芯片数据）。将这些表达数据集与公开可用的Notch1 ChIP测序数据整合，鉴定出在正常和恶性T细胞环境中受Notch活性直接调控的长非编码RNA。鉴于Notch在T细胞急性淋巴细胞白血病肿瘤发生中的核心作用，这些数据为开发靶向人T细胞急性淋巴细胞白血病中过度活跃Notch1信号的新型治疗策略铺平了道路。在CUTLL1 T-ALL细胞系中，经GSI或DMSO（溶剂对照）处理后测量基因表达。处理后12小时和48小时收集细胞。此实验进行了3次重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。