基于定制基因表达芯片检测急性髓系白血病突变NPM1 mRNA（训练队列）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-42194

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

摘要 编码核磷蛋白（NPM1）的基因突变对急性髓系白血病（AML）患者具有预后价值。目前，常规分子诊断中采用多种技术检测这些突变。将准确的NPM1突变检测整合到基因表达平台上，可实现与其他多种表达生物标志物的同时检测。在此，我们介绍一种基于芯片的突变检测方法，使用定制探针检测NPM1野生型mRNA以及NPM1 A、B和D型突变型mRNA。该方法在由505例新诊断、未经选择的AML病例组成的训练队列中准确率为100%。在由143例正常核型AML病例组成的独立队列中进行验证，未发现假阴性结果，出现1例假阳性（敏感性100.0%，特异性98.7%）。据此，我们得出结论，该方法为NPM1突变检测提供了一种可靠的方法。只要突变等位基因表达量足够高，该方法可应用于其他基因/突变。使用AMLprofiler分析的505例AML病例训练队列

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。