数据集获取

源站：https://doi.org/10.17632/vcsyd7ns8f

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.24 GB。

数据说明

约30%的慢性粒单核细胞白血病患者会转变为化疗难治性的原始细胞期（BP-CMML）。为探索新的治疗方法，我们对42例BP-CMML患者的原始细胞转录组进行了分析，观察到广泛的转录异质性，且与当前AML分类的匹配度较差。BP-CMML展现出独特的转录组特征，包括静止状态的富集及药物反应信号的可变性。结合临床、免疫表型和转录组参数，随机森林无监督聚类区分出未成熟和成熟亚型，其特征为转录模块、癌基因、凋亡调节因子及表面标志物表达模式的差异表达。这些亚型对AML药物的预测反应不同，并在原代样本中进行了体外验证。迭代精炼的分层方法解析出一个包含五个亚型的分类结构，沿成熟谱系分布，可预测对新型药物的反应，包括对RTK、CDK、MTOR和MAPK抑制剂的一致反应模式。

最终，我们构建了一个临床上适用的决策树，以高特异性和敏感性对BP-CMML进行分层，并可能指导个性化药物选择以改善预后。

###################

数据集描述：

###################

本数据仓库中包含的数据旨在作为图表复现或进一步探索的输入。该数据集包含以下高级文件夹：

• 临床：包含LAML TCGA队列的临床数据。由于患者隐私的数据保护，其他临床数据未共享。如需此数据，请咨询我们。
• 基因型：包含整理后队列的基因型表格数据，包括二元突变矩阵和全队列突变数据。
• 免疫表型：包含针对各种标记物计算每个样本的平均荧光强度（MFI）的表格数据。
• Oncoprint：包含Oncoprint输入数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。