急性和慢性髓系白血病细胞中miRNome的特征分析
本数据集来自ebi.ac.uk,聚焦于3种人类髓系白血病细胞系的miRNome深度分析,旨在全面鉴定能够区分急性与慢性髓系白血病的miRNA,并探讨其与髓系细胞分化的关联

基本信息
资源简介
急性和慢性髓系白血病细胞中miRNome的特征分析
本数据集名为Characterization of miRNomes in acute and chronic myeloid leukemia cells,来源于ebi.ac.uk,本站归类为肿瘤/白血病方向。其核心内容是对3种人类髓系白血病细胞系开展miRNome深度分析,目的是全面鉴定能够区分急性与慢性髓系白血病的miRNA,并进一步探讨这些miRNA与髓系细胞分化之间的关联。数据集主题标签涉及非编码RNA的RNA-seq以及Homo sapiens,整体围绕髓系白血病细胞中miRNA表达谱的刻画展开,为理解急、慢性髓系白血病在miRNA层面的差异提供了数据基础。
【数据集背景】
髓系白血病包括急性与慢性两大类,其在发病机制、细胞分化状态和临床进程上存在明显差异。miRNA作为一类重要的非编码RNA,在基因表达调控、细胞分化及肿瘤发生发展中发挥关键作用。对髓系白血病细胞系中的miRNome进行系统分析,有助于从非编码RNA角度识别急、慢性白血病之间的分子特征,并探索这些特征与髓系细胞分化之间的联系。该数据集正是在这一研究背景下产生,聚焦于3种人类髓系白血病细胞系,通过RNA-seq手段对非编码RNA进行检测,以期全面刻画其miRNA表达格局。
【数据内容】
数据集的核心内容为3种人类髓系白血病细胞系的miRNome分析结果,属于非编码RNA的RNA-seq数据。其研究目标包括:全面鉴定能够区分急性与慢性髓系白血病的miRNA,以及分析与髓系细胞分化相关的miRNA。数据主题标签为“RNA-seq of non coding RNA”和“Homo sapiens”,表明研究对象为人源细胞,检测对象为非编码RNA。除上述信息外,关于样本具体数量、测序深度、miRNA具体种类、表达定量结果、差异表达列表等内容,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于ebi.ac.uk。源站描述指出,研究对3种人类髓系白血病细胞系进行了深入的miRNome分析,以全面鉴定区分急性和慢性髓系白血病的miRNA,并关联髓系细胞分化。除来源站和上述描述外,关于具体采集时间、实验地点、建库方法、测序平台、试剂型号等细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于髓系白血病相关的基础研究场景,尤其是从miRNA层面比较急性与慢性髓系白血病差异的研究。可用于探索非编码RNA在白血病细胞分化中的潜在作用,也可作为RNA-seq非编码RNA分析流程的参考数据。此外,对于关注人源髓系白血病细胞系miRNome特征的研究者,该数据集可提供与急、慢性白血病区分相关的miRNA候选信息。但具体应用需结合源站提供的原始数据与元数据,且不应超出其实际覆盖的3种细胞系范围。
【使用方法】
使用者可通过ebi.ac.uk获取该数据集。由于数据集涉及非编码RNA的RNA-seq,典型使用方式包括对原始测序数据进行质量控制、比对、miRNA定量与差异分析,进而筛选与急性、慢性髓系白血病区分相关的miRNA,并开展与髓系细胞分化关联的后续分析。具体的数据格式、下载方式、分析流程和软件参数,源站未提供,需以源站实际说明为准。
【质量与限制】
该数据集基于3种人类髓系白血病细胞系,样本来源为细胞系而非原代患者样本,因此其结论外推到临床患者时需谨慎。数据集聚焦于miRNome,主要反映非编码RNA层面的信息,不涵盖基因组、蛋白组等其他层次。关于数据质量评估指标、重复次数、批次效应、测序深度、覆盖度等具体质量信息,源站未提供。此外,源站描述未说明是否包含正常对照或非白血病细胞系,相关限制需结合源站原始信息判断。
【引用与许可】
该数据集来源于ebi.ac.uk。关于具体的引用方式、文献出处、许可协议、使用限制及数据访问政策,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时,应查阅源站页面获取准确的引用信息和许可条款。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-48059
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
CELL LINE cell line ORGANISM PART organism part DISEASE disease peripheral blood bone marrow THP1 K562 HL60 acute monocytic leukemia chronic myelogenous leukemia (CML) acute promyelocytic leukemia 2 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRS448215,SRS448217 1 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
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