CDKN1B（p27）位于髓系恶性肿瘤12p异常最小缺失区且其低表达为急性髓系白血病有利预后标志

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-27832

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

12号染色体短臂(12p)的改变发生于多种血液系统恶性肿瘤中，位于12p上的ETV6和CDKN1B被认为是有意义的白血病相关基因。设计与方法：我们通过FISH选择了7例伴有小片段12p缺失的髓系恶性肿瘤患者，这些缺失仅涵盖ETV6着丝粒侧区域，并进一步用SNP微阵列对其进行评估。结果：最小缺失区域(MDR)仅包含9个基因。随后在一个由781例病例组成的独立队列中通过微阵列表达谱分析对这些基因进行了分析，该队列大多为不同的血液系统恶性肿瘤或无任何血液系统恶性肿瘤：CREBL2、MANSC1和CDKN1B在>25%的病例中表达，而其他6个基因仅在少数病例中表达。由于CDKN1B是细胞周期调节因子并发挥抑癌基因功能，故选择该基因在286例AML患者中进行进一步表达研究。在CDKN1B低表达(表达水平<1,160；第1四分位数)的病例中，RUNX1-RUNX1T1(11/83；13.3%；对比5/203；2.5%；p=0.001)、PML-RARA重排(11/83；13.3%；对比4/203；2.0%；p<0.001)、11q23/MLL重排(6/83；7.2%；对比

4/203；2.0%；p=0.038）和FLT3-TKD突变（7/63；11.1% vs. 6/167；3.6%；p=0.047）的发生率高于中/高表达患者（第2-4四分位数）。CDKN1B低表达者的中位OS和EFS均长于中/高表达者（OS未达到 vs. 14.9个月；p=0.005；EFS 31.0 vs. 9.7个月；p=0.013）。结论：CDKN1B是一个值得关注的候选基因，有望作为急性髓系白血病预后判断的潜在生物标志物。Affymetrix SNP芯片按照制造商说明进行操作，所用DNA提取自骨髓或外周血样本经Ficoll密度离心后的单个核细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。