caArray_EXP-520：婴儿急性淋巴细胞白血病结局与年龄预测的基因表达谱：儿童肿瘤学组研究

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-68720

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

对来自儿童肿瘤协作组P9407试验的97例婴儿急性淋巴细胞白血病（ALL）病例进行了基因表达谱分析。对预后预测因子的统计建模显示，除年龄和MLL状态外，有3个基因对无事件生存期（EFS）具有高度预测价值：FLT3、IRX2和TACC2。在一组预后极佳的婴儿中（n=11；5年EFS为100%），发现FLT3低表达；而IRX2和TACC2的差异表达将其余婴儿分为生存期显著不同的2组（5年EFS为16% vs 64%；P < .001）。当对携带MLL-AFF1的婴儿进行单独分析时，开发了一个7基因分类器，将其分为预后显著不同的2个组（5年EFS为20% vs 65%；P < .001）。在该分类器中，NEGR1表达升高与较好的EFS相关，而IRX2、EPS8和TPD52表达与较差预后相关。该分类器还在来自Interfant-99试验的独立婴儿ALL队列中预测了EFS。

在将表达谱作为连续变量相对于患者年龄进行评估时，我们进一步发现，年龄小于或等于90天的婴儿与年龄大于90天的婴儿在表达谱上存在显著差异。这些与年龄相关的模式提示了不同的白血病发生机制，并可能是历史上在这些年龄组中观察到的不同结局的基础。EXP-520 检测类型：基因表达 提供者：Affymetrix 阵列设计：HG-U133_Plus_2 生物体：Homo sapiens (ncbitax)

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。