T-ALL细胞系AGO2免疫沉淀RNA-seq
数据可用于比较AGO2结合RNA与总RNA的差异，研究T-ALL中AGO2相关的RNA调控（来源 BioStudies）
基本信息
资源简介
T-ALL细胞系AGO2免疫沉淀RNA-seq
该数据集为一项针对T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）的RNA测序研究，英文名称为AGO2 immunoprecipitation RNA-seq in T-ALL cell lines，属于肿瘤/白血病分类，数据来源于ebi.ac.uk。研究对四种T-ALL细胞系——JURKAT、ALL-SIL、DND-41和LOUCY——进行了RNA测序，以刻画AGO2结合RNA组分与总RNA组分的特征。测序文库分别由总RNA（TOT）样本和AGO2免疫沉淀（AGO2-IP）RNA样本构建，采用TruSeq Stranded Total RNA试剂盒配合Ribo-Zero Human/Mouse/Rat进行核糖体去除，并在Illumina NovaSeq 6000平台上以2×150 bp双端模式完成测序，每个样本约产生1.5亿个读对。该数据可用于比较AGO2结合RNA与总RNA之间的差异，进而研究T-ALL中与AGO2相关的RNA调控机制。
【数据集背景】
T细胞急性淋巴细胞白血病是一种恶性血液肿瘤，其发生发展涉及复杂的转录后调控过程。AGO2是RNA诱导沉默复合体的核心组分，在微小RNA介导的基因沉默中发挥关键作用，因此了解AGO2在白血病细胞中结合哪些RNA，对于揭示转录后调控网络具有重要意义。该数据集正是围绕这一科学问题而产生，通过在四种T-ALL细胞系中同时测定AGO2结合RNA与总RNA，为研究AGO2相关的RNA调控提供了直接的测序证据。数据主题标签为RNA-seq of coding RNA，物种为Homo sapiens。
【数据内容】
数据内容涵盖四种T-ALL细胞系（JURKAT、ALL-SIL、DND-41、LOUCY）的两类RNA组分：总RNA（TOT）样本与AGO2免疫沉淀（AGO2-IP）RNA样本。两类样本均构建了测序文库，因而数据可用于在相同细胞背景下对比AGO2结合RNA与总RNA的组成差异。测序采用双端150 bp读长，每个样本约1.5亿个读对，具备较高的测序深度。关于样本的具体数量、文件格式与数据体积，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为ebi.ac.uk。文库构建使用TruSeq Stranded Total RNA试剂盒配合Ribo-Zero Human/Mouse/Rat，采用核糖体去除方案，并在90 °C下 fragmentation 2分钟（doi:10.1016/j.ygeno.2021.10.018）。测序在Illumina NovaSeq 6000平台上完成，模式为2×150 bp双端测序，每个样本约150 million read pairs。关于样本采集时间、临床信息及伦理审批等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于比较AGO2结合RNA与总RNA之间的差异，识别在T-ALL细胞中被AGO2富集或结合的转录本，进而研究AGO2相关的RNA调控机制。由于覆盖四种不同的T-ALL细胞系，数据也可用于细胞系之间的比较分析。关于其他具体应用场景，源站未提供。
【使用方法】
使用时可分别处理总RNA与AGO2-IP两类文库的测序读段，进行质量控制、比对与定量，再比较两类样本中转录本的丰度差异，以推断AGO2结合特征。由于采用链特异性建库与核糖体去除方案，分析时宜考虑链方向信息。关于具体的分析流程与参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
测序平台为Illumina NovaSeq 6000，双端150 bp，每样本约1.5亿读对，测序深度较高；建库采用核糖体去除方案并在90 °C下 fragmentation 2分钟。关于数据质量评分、污染评估、批次效应及样本量等方面的信息，源站未提供。使用时应注意到数据仅涉及四种T-ALL细胞系，结论外推需谨慎，具体限制源站未提供。
【引用与许可】
源站描述中提及建库方案相关文献（doi:10.1016/j.ygeno.2021.10.018）。关于数据集的正式引用方式、许可协议与使用条款，源站未提供。
下载信息
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-MTAB-16337
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
E-MTAB-16337 T-ALL细胞系中AGO2免疫沉淀RNA-seq 编码RNA的RNA-seq EFO EFO_0003738 智人 我们对四种T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）细胞系——JURKAT、ALL-SIL、DND-41和LOUCY——进行了RNA测序，以表征AGO2结合RNA组分和总RNA组分。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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