CEBPA双突变急性髓系白血病伴发分子突变及预后影响数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-42064

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在当前的世界卫生组织分类中，伴有CEBPA突变的急性髓系白血病（AML）被确定为临时实体。已有报道指出，单突变（sm）与双突变（dm）病例在临床结局上存在差异，其中dm病例与更长的总生存期（OS）相关。迄今为止，尚未评估除CEBPAdm外伴随分子突变的发生情况及其预后影响。在此，我们研究了一个包含95例AML CEBPAdm病例的队列，以探究伴随突变。发现TET2是最常见的突变（32/94，34.0%），其次是GATA2（20/95，21.0%）、WT1（13/95，13.7%）、DNMT3A（9/94，9.6%）、ASXL1（9/95，9.5%）、NRAS（8/95，8.4%）、KRAS（3/94，3.2%）、IDH1/2（6/95，6.3%）、FLT3-ITD（6/95，6.3%）、FLT3-TKD（2/95，2.1%）、NPM1（2/95，2.1%）和RUNX1（1/94）。在MLL-PTD和TP53中未检测到突变。关于预后影响，我们观察到，在TET2中携带额外突变的病例相比野生型病例显示出显著更差的生存率（P=0.035），而GATA2突变病例则显示出改善的生存率（P=0.032）。

此外，通过基因表达微阵列分析，我们未能在伴有不同伴随突变基因的CEBPAdm病例中识别出明显的差异聚类。总之，我们证明76.8%的CEBPAdm病例在其他分子标志物中存在额外改变，且CEBPA是适合用于控制治疗的MRD标志物。总队列包含95例病例，但其中38例有可用的表达数据，这些数据在Affymetrix HG-U133 Plus 2.0芯片上进行分析：8例CEBPAdm且GATA2突变病例，12例CEBPAdm且TET2突变病例，7例CEBPAdm且ASXL1突变病例（其中n=3显示额外的TET2突变），以及11例CEBPAdm且GATA2、TET2和ASXL1均无突变的病例。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。