慢性淋巴细胞白血病外显子组测序数据

该数据集来自 omicsdi.org,为慢性淋巴细胞白血病(Chronic Lymphocytic Leukemia)患者的外显子组测序数据

omicsdi
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基因组分类Genomics
92db9d57-f42a-4072-8ffd-15d48f661d4f - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

慢性淋巴细胞白血病外显子组测序数据

该数据集为一份聚焦于慢性淋巴细胞白血病(Chronic Lymphocytic Leukemia)的外显子组测序数据,来源于 omicsdi.org。根据源站描述,其内容为慢性淋巴细胞白血病患者的外显子组测序数据,DNA 提取自分选的 B-CLL 细胞和 T 细胞或粒细胞。数据集在分类上归属于肿瘤 / 白血病方向,主题标签为 Genomics。整体而言,该数据集围绕血液系统恶性肿瘤的基因组层面展开,提供了以患者样本为基础的外显子组测序信息,可用于了解慢性淋巴细胞白血病在编码区序列层面的特征。以下将从数据集背景、数据内容、采集与来源、适用场景、使用方法、质量与限制、引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

慢性淋巴细胞白血病是一种发生于淋巴细胞的血液系统恶性肿瘤。该数据集所属分类为肿瘤 / 白血病,主题标签为 Genomics,表明其关注的是与白血病相关的基因组学信息。源站描述指出,该数据来自慢性淋巴细胞白血病患者,属于外显子组测序数据。外显子组测序通常针对基因组中的蛋白编码区域,因此该数据集在背景上服务于对慢性淋巴细胞白血病相关编码区变异的探索。关于该数据集所依托的具体研究项目、研究机构、所属队列或临床试验背景,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的核心内容为外显子组测序数据,样本来自慢性淋巴细胞白血病患者。源站描述明确说明,DNA 提取自分选的 B-CLL 细胞和 T 细胞或粒细胞。这意味着数据在样本层面涉及不同细胞类型的区分:一方面是与疾病相关的 B-CLL 细胞,另一方面是 T 细胞或粒细胞。此类分选有助于在测序分析中区分肿瘤细胞与对照或非肿瘤细胞成分。数据集英文名称为 92db9d57-f42a-4072-8ffd-15d48f661d4f - samples,其中包含“samples”字样,提示该数据集以样本为单位组织。关于样本数量、测序深度、覆盖度、变异位点数量、具体基因列表等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述说明,其数据为慢性淋巴细胞白血病患者的外显子组测序数据,DNA 提取自分选的 B-CLL 细胞和 T 细胞或粒细胞。由此可知,样本采集涉及对患者来源细胞的分选处理,并在此基础上进行 DNA 提取与外显子组测序。关于患者的具体入组标准、样本采集时间、采集地点、伦理审批信息以及测序平台和建库方法等,源站未提供。

【适用场景】

基于其肿瘤 / 白血病分类和 Genomics 主题标签,该数据集可应用于与慢性淋巴细胞白血病相关的基因组学研究场景。由于数据为外显子组测序数据,且 DNA 来自分选的 B-CLL 细胞和 T 细胞或粒细胞,因此适合用于比较不同细胞组分之间的外显子组序列特征,或用于探索慢性淋巴细胞白血病在蛋白编码区的变异情况。该数据集也可作为血液肿瘤基因组学分析的样本资源,用于方法验证、变异识别流程测试等通用研究目的。关于该数据集是否适用于特定临床诊断、预后判断或治疗指导,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以样本形式组织,英文名称中包含“samples”。使用者可根据样本层面的信息,结合外显子组测序数据的常规分析流程进行处理。由于源站描述提到 DNA 提取自分选的 B-CLL 细胞和 T 细胞或粒细胞,使用时可关注不同细胞类型来源样本的对应关系,以便在分析中区分肿瘤与非肿瘤来源的测序结果。关于具体的下载方式、文件格式、数据访问入口、是否需申请权限以及推荐分析工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为慢性淋巴细胞白血病患者的外显子组测序数据,样本涉及分选的 B-CLL 细胞和 T 细胞或粒细胞。关于数据质量指标,如测序深度、覆盖均匀性、碱基质量值、样本污染评估等,源站未提供。关于样本量大小、是否包含对照样本、是否存在批次效应、数据完整性及更新情况等,源站未提供。因此,在使用该数据集时,应结合源站信息进一步确认其适用范围与局限性。

【引用与许可】

该数据集来源于 omicsdi.org。关于该数据集的引用方式、原始文献、DOI、许可协议、使用条款以及是否允许再分发等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001005748

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

来自慢性淋巴细胞白血病患者的外显子组测序数据。DNA是从分选出的B-CLL细胞和T细胞或粒细胞中提取的。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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