ZBED6-Vps34自噬轴通过多组学整合驱动肾透明细胞癌进展：一种新的预后和治疗靶点

资源简介

ZBED6-Vps34自噬轴通过多组学整合驱动肾透明细胞癌进展：一种新的预后和治疗靶点

【数据集背景】

源站首次发布：2025-07-07。

【数据内容】

源站原始描述：BackgroundClear cell renal cell carcinoma (ccRCC) relies on pro-survival autophagy for therapy resistance and progression, yet upstream regulators of autophagy initiation, particularly the catalytic core Vps34 (PIK3C3), remain poorly defined. We hypothesized that multi-omics integration could identify novel master regulators of Vps34-driven autophagy in ccRCC.Materials and MethodsWe systematically integrated bulk transcriptomics (TCGA, ICGC, ArrayExpress, Target), single-cell RNA-seq (GSE156632)…

中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：背景 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）依赖促生存自噬来实现治疗耐药和疾病进展，然而自噬起始的上游调控因子，尤其是催化核心Vps34（PIK3C3），仍缺乏明确认识。我们假设多组学整合能够鉴定ccRCC中Vps34驱动自噬的新型主调控因子。材料与方法 我们系统整合了批量转录组学（TCGA、ICGC、ArrayExpress、Target）、单细胞RNA测序（GSE156632）和空间转录组学（GSE210041）。加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴定出与Vps34相关的模块。采用十种机器学习算法（包括Lasso、RSF、CoxBoost），并通过10倍交叉验证构建预后模型。体外验证使用ccRCC细胞系（769-P、Caki-1、ACHN）和正常肾HK-2细胞。功能实验包括qPCR、Western blot、CCK-8增殖实验、划痕愈合实验和Transwell迁移/侵袭实验。通过siRNA敲低和慢病毒过表达操控ZBED6表达。结果 多组学汇聚分析鉴定出转录因子ZBED6为与Vps34表达强相关的顶级上游调控因子。空间转录组学证实ZBED6与Vps34表达区域共定位。ZBED6直接促进Vps34表达和自噬流（LC3增加，p62减少）。对scRNA-seq数据进行WGCNA鉴定出一个与Vps34相关的蓝色模块；将这些基因与ccRCC差异基因取交集，得到23个候选基因。机器学习（Lasso-SuperPC算法）构建了一个稳健的6基因预后特征（ASAH1、ATP1A1、DSTN、EIF1B、PGK1、SCP2），并在TCGA、ArrayExpress和RECA队列中得到验证（AUC高达0.88）。高风险患者表现出EMT、炎症通路富集、免疫抑制（Tregs增加）以及对anti-PD-1治疗反应较差。在功能上，ZBED6过表达显著增强ccRCC细胞增殖、迁移、侵袭和自噬，而敲低则抑制这…

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面：https://www.scidb.cn/detail?dataSetId=f9fe7c8d6fe149f58c3cf3e745eb7555

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