基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-23

资源简介

一线VEGFR-TKIs治疗的fresh frozen透明细胞肾细胞癌组织转录组分析

该数据集名为“Transcriptomic analysis of fresh frozen clear-cell renal cell carcinoma tissues treated with VEGFR-TKIs in first line”，来源于omicsdi.org，属于肿瘤/肾癌分类，主题标签为Transcriptomics。其核心内容是对一线接受VEGFR-TKIs治疗的fresh frozen透明细胞肾细胞癌组织（n=109）进行qRT-PCR转录组分析。源站描述进一步说明，该实验的转录组数据与来自同一肿瘤FFPE样本的miRNA测序数据（E-MTAB-10586）联合分析，以识别与EPAS1、FLT1和KDR低表达相关、且经miRNA-mRNA相互作用数据库预测可靶向这些基因的miRNA。整体而言，该数据集聚焦于透明细胞肾细胞癌在一线VEGFR-TKIs治疗背景下的转录组特征，并强调与miRNA数据的整合分析。

【数据集背景】

透明细胞肾细胞癌是肾癌中常见的组织学类型，VEGFR-TKIs作为一线治疗手段在临床中应用广泛。该数据集围绕一线接受VEGFR-TKIs治疗的透明细胞肾细胞癌组织展开转录组层面的分析，旨在从基因表达角度刻画治疗背景下的肿瘤组织特征。源站描述指出，该实验的转录组数据并非孤立使用，而是与同一肿瘤FFPE样本的miRNA测序数据（E-MTAB-10586）联合分析，从而在转录组与miRNA调控层面建立联系，识别与EPAS1、FLT1和KDR低表达相关的miRNA，并借助miRNA-mRNA相互作用数据库预测其靶向关系。

【数据内容】

该数据集的核心数据为对fresh frozen透明细胞肾细胞癌组织进行qRT-PCR转录组分析所获得的转录组数据，样本量为n=109，样本均来自一线接受VEGFR-TKIs治疗的患者。源站描述还提及与之联合分析的miRNA测序数据来自同一肿瘤的FFPE样本（E-MTAB-10586），但该miRNA数据是否包含在本数据集内，源站未提供明确说明。数据集的主题标签为Transcriptomics，分类归属为肿瘤/肾癌。

【采集与来源】

数据来源于omicsdi.org。样本类型为fresh frozen透明细胞肾细胞癌组织，采集对象为一线接受VEGFR-TKIs治疗的患者，样本量n=109。转录组检测方法为qRT-PCR。与之联合分析的miRNA测序数据来自同一肿瘤的FFPE样本，编号为E-MTAB-10586。关于具体的采集时间、采集机构、伦理审批及样本处理流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于透明细胞肾细胞癌转录组层面的研究，尤其是围绕一线VEGFR-TKIs治疗背景下基因表达特征的分析。由于源站描述强调其与miRNA测序数据的联合分析，并聚焦于EPAS1、FLT1和KDR低表达相关的miRNA识别及靶向预测，该数据集可用于探索miRNA-mRNA调控关系、候选miRNA筛选以及相关基因表达下调机制的假设生成。关于其他具体应用场景，源站未提供。

【使用方法】

源站描述表明，该转录组数据需与同一肿瘤FFPE样本的miRNA测序数据（E-MTAB-10586）联合分析，并结合miRNA-mRNA相互作用数据库进行靶向预测，以识别与EPAS1、FLT1和KDR低表达相关且被预测靶向这些基因的miRNA。关于数据下载方式、文件格式、预处理步骤及分析工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量为n=109，采用qRT-PCR进行转录组分析，样本为fresh frozen组织；联合分析的miRNA数据来自FFPE样本。关于数据质量评估指标、缺失值情况、批次效应及验证程度，源站未提供。使用时应注意到转录组数据与miRNA数据来源于不同样本保存形式（fresh frozen与FFPE），其整合分析需考虑平台与样本处理差异，但源站未就此给出具体说明。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-10592

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-10592

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

采用qRT-PCR对一线接受VEGFR-TKIs治疗的新鲜冷冻透明细胞肾细胞癌组织（n=109）进行了转录组分析。本实验的转录组数据与来自同一肿瘤FFPE样本的miRNA测序数据（E-MTAB-10586）一同分析，以识别与EPAS1、FLT1和KDR低表达相关，且经miRNA-mRNA相互作用数据库预测可靶向这些基因的miRNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别