透明细胞肾细胞癌中吸烟与肥胖相关分子改变

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-46699

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

吸烟和肥胖均与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）风险增加相关；然而，关于这些关联背后的分子机制的数据有限。我们采用多阶段设计来识别和验证与吸烟或肥胖相关ccRCC相关的特定分子靶点。本文所存的数据包含在两个不同时间段处理的两批样本（请参见Eckel-Passow等人发表于《Carcinogenesis》的补充数据，该文于2013年12月28日首次在线发表；doi:10.1093/carcin/bgt485）。第一批样本包括12名肥胖受试者和13名非肥胖受试者；所有受试者均为自我报告的从不吸烟者。12名肥胖受试者中，每人均有患者匹配的肿瘤组织和癌旁正常组织的微阵列数据。13名非肥胖受试者均有肿瘤组织的微阵列数据；然而，其中仅有9人同时具有患者匹配的癌旁正常组织的微阵列数据。第二批样本包括16名自我报告的吸烟者和19名自我报告的从不吸烟者；所有受试者均为非肥胖者。

第二批样本同样包含7名肥胖且自述吸烟的受试者。第二批所有受试者的配对肿瘤组织及癌旁正常组织均有微阵列数据可用。最后，批次1的13名患者中有2名在批次2中进行了重复检测；这两名患者均为非肥胖且不吸烟者。这两个技术重复样本（两个肿瘤样本和两个正常样本）在标准化过程中被纳入，但在分析前被移除。CEL文件为Par007U133Plus2.0.CEL、Par008U133Plus2.0.CEL、Par041U133Plus2.0.CEL、Par042U133Plus2.0.CEL。元数据中的“duplicate”列也可用于排除这些样本。该数据集是TransQST集合的一部分。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。