肾癌单细胞图谱数据集
该集合包含肾细胞癌单细胞转录组数据，可用于肿瘤微环境、细胞来源和治疗反应分析。由CZ CELLxGENE提供，来自CZ CELLxGENE Discover，数据格式为表格，适用于分类任务，专注于肿瘤领域的肾癌研究。
基本信息
资源简介
肾癌单细胞图谱数据集
【一句话概览】
肾细胞癌各亚型在组织形态、蛋白质基因组改变、免疫细胞浸润模式和临床行为上差异显著。本研究利用单细胞RNA测序构建良性与恶性肾细胞图谱，并通过随机森林模型预测了10余种肾细胞癌亚型的可能起源细胞。单细胞分析还揭示了最常见亚型透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境的特征，阐明肿瘤上皮在促进免疫细胞浸润中的积极作用，或可解释其在新抗原负荷较低情况下仍对免疫检查点抑制剂产生应答的原因，同时发现高内皮细胞类型与免疫治疗无应答相关（来源 cellxgene.cziscience.com）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Single-cell analyses of renal cell cancers reveal insights into tumor microenvironment, cell of origin, and therapy response》。
【数据内容】
源站原始描述：Diverse subtypes of renal cell carcinomas (RCCs) display a wide spectrum of histomorphologies, proteogenomic alterations, immune cell infiltration patterns, and clinical behavior. Delineating the cells of origin for different RCC subtypes will provide mechanistic insights into their diverse pathobiology. Here, we employed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) to develop benign and malignant renal cell atlases. Using a random forest model trained on this cell atlas, we predicted the putative cel…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：多种肾细胞癌（RCC）亚型展现出广泛的组织形态学、蛋白质基因组学改变、免疫细胞浸润模式及临床行为。阐明不同RCC亚型的起源细胞将为其多样化的病理生物学提供机制性见解。本研究采用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了良性与恶性肾细胞图谱。利用在此细胞图谱上训练的随机森林模型，我们预测了10余种RCC亚型的假定起源细胞。scRNA-seq还揭示了最常见肾癌亚型——透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境的若干特征。我们阐明了肿瘤上皮在促进免疫细胞浸润中的积极作用，这可能解释了为何ccRCC尽管新抗原负荷较低，却对免疫检查点抑制剂有响应。此外，我们还描述了ccRCC中高内皮细胞类型与免疫治疗无响应之间的关联。综上所述，这些对良性肾脏及RCC的单细胞分析为RCC亚型的假定起源细胞提供了见解，并强调了肿瘤微环境在影响ccRCC生物学特性及治疗响应中的重要作用。
【主题与分类】
主题标签：kidney、clear cell renal carcinoma、chromophobe renal cell carcinoma、normal、10x 3'' v2、Homo sapiens、scRNA-seq。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://cellxgene.cziscience.com/collections/1df8c90d-d299-4b2e-a54d-a5a80f36e780
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
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无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/1df8c90d-d299-4b2e-a54d-a5a80f36e780
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该集合包含肾细胞癌单细胞转录组数据，可用于肿瘤微环境、细胞来源和治疗反应分析。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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