PRJNA523003：全基因组CRISPR筛选鉴定透明细胞癌铁死亡敏感性介导因子

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA523003

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

透明细胞癌（CCC）是一组高度侵袭性的恶性肿瘤，通常起源于肾脏和卵巢。CCC肿瘤以脂质和糖原异常积累为特征，并且对多种抗癌治疗具有内在耐药性。在与本数据集相关的研究中，我们发现CCC细胞独特的代谢状态与其对铁死亡的内在易感性相关。然而，这种铁死亡敏感性的介导因素尚不清楚。在此，我们进行了全基因组CRISPR筛选，以鉴定介导对ML210敏感性的基因。ML210是谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）的选择性抑制剂，也是786-O细胞中铁死亡细胞死亡的有效诱导剂，786-O是一种透明细胞肾细胞癌细胞系。总体设计：将表达Cas9的786-O细胞感染全基因组慢病毒sgRNA文库，经嘌呤霉素筛选并扩增后，分别用DMSO或ML210处理4天、6天或8天。通过高通量测序鉴定在ML210处理条件下富集的sgRNA条形码。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。