肾细胞癌中三级淋巴结构及耗竭组织驻留T细胞对抗PD-1治疗反应的预测

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A4f5345811f5206f89d43d82bc6058345161d66ca669e17a3fdbb706c64d6c2e2

标准获取流程：

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数据说明

靶向PD-1通路的免疫检查点抑制剂（ICI）已改变了晚期肾细胞癌（RCC）的治疗格局，但治疗应答背后的机制在很大程度上仍不清楚。在此，我们对纳入一线纳武利尤单抗II期临床试验（NCT03117309）的102例患者的RCC生物样本进行了转录组分析，以探究抗PD1单药治疗应答的决定因素。通过批量分析，我们发现在应答患者中与三级淋巴结构（TLS）相关的基因富集。利用单细胞转录组学及外部队列验证，我们鉴定出一群组织驻留（ZNF683+ SLAMF7+）耗竭CD8+ T细胞，其在临床结局较差的患者中富集。整合这些发现，我们发现TLS高且组织驻留耗竭CD8+ T细胞低的肿瘤在接受纳武利尤单抗治疗后具有更优的临床结局。

总体而言，这些分析有助于不断加深对肿瘤微环境的理解……，# 三级淋巴结构及耗竭的组织驻留T细胞的存在决定肾细胞癌对PD-1阻断治疗的临床反应 https://doi.org/10.5061/dryad.dv41ns28r ## 数据及文件结构说明 本数据集包含来自17例肾细胞癌（RCC）患者的19份样本的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，其中包括2组配对的治疗前和治疗后（aPD-1）样本。每个数据集以zip文件形式提供，对应一位患者。数据使用10x Genomics Chromium平台处理，并以标准稀疏矩阵格式提供。每个zip文件包含以下三个文件： * barcodes.tsv – 细胞条形码列表。 * features.tsv – 基因标识符列表。 * matrix.mtx – 存储基因表达计数的稀疏矩阵。 文件命名规范 文件按以下格式命名： * **260-1XXX_BL_filtered_feat

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。