透明细胞肾癌中下调的蛋白编码及内含子非编码RNA鉴定

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-7367

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肾细胞癌(RCC)的透明细胞亚型是泌尿系统中最致命且最常见的癌症。为了探究与透明细胞RCC恶性转化相关的分子变化，我们从6名患者中获取了肿瘤及其邻近非肿瘤组织的配对样本的基因表达谱。使用了一个定制构建的cDNA微阵列平台，该平台包含2，292个探针，对应基因的外显子，以及822个探针用于映射到内含子区域的非编码RNA。在所有正常和肿瘤肾组织中均检测到了内含子转录。通过结合两种统计检验和留一法患者交叉验证，确定了一组55个转录本在透明细胞RCC中相对于匹配的非肿瘤组织显著下调。在下调的转录本中，49个映射到非翻译区或编码外显子，6个相对于已知蛋白质编码基因的外显子位于内含子区域。通过实时RT-PCR，在透明细胞RCC中证实了SIN3B、TRIP3、SYNJ2BP和NDE1的表达水平较低(p < 0.02)，以及源自SND1和ACTN4位点的内含子转录本(p < 0.05)的表达降低。

25个转录本的一个子集在另外6个非透明细胞肾细胞癌样本中表达失调，提示无论肿瘤的组织学亚型或分化状态如何，肾细胞癌中都存在共同的转录改变。我们的结果表明了一组新的候选抑癌基因，包括非编码内含子RNA，它们可能在正常肾细胞的恶性转化中发挥重要作用。将来自每位患者肿瘤和非肿瘤组织的荧光标记cDNA靶标混合，并与点样的cDNA微阵列杂交。对每位患者，使用标记靶标的染料交换进行重复杂交。对于每种组织（肿瘤和邻近非肿瘤组织），每个探针有4次重复测量。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。