肾细胞癌内含子长链非编码RNA表达分析与计算机表征
该数据集来自NCBI GEO，聚焦肾细胞癌中内含子长链非编码RNA的表达分析。研究使用两种定制微阵列，分别含4k和44k探针，检测18例原发性透明细胞肾细胞癌肿瘤及11例配对非肿瘤邻近组织，另用44k寡核苷酸阵列分析17例肾细胞癌样本（14例透明细胞、2例乳头状、1例嫌色细胞亚型）并分为四组混合
基本信息
资源简介
肾细胞癌内含子长链非编码RNA表达分析与计算机表征
Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations
该数据集来自NCBI GEO，聚焦肾细胞癌中内含子长链非编码RNA的表达分析。研究使用两种定制微阵列，分别含4k和44k探针，检测18例原发性透明细胞肾细胞癌肿瘤及11例配对非肿瘤邻近组织，另用44k寡核苷酸阵列分析17例肾细胞癌样本（14例透明细胞、2例乳头状、1例嫌色细胞亚型）并分为四组混合。数据可用于肾癌相关lncRNA表达谱比较与候选标志物探索（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Sep 15 201。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：内含子和基因间长链非编码RNA（lncRNA）是新兴的基因表达调控因子。肾细胞癌（RCC）的分子发病机制仍知之甚少，尤其是对RCC中表达的内含子lncRNA研究有限。使用两种不同的定制阵列进行微阵列实验，这些阵列富集了定位到内含子基因组区域的lncRNA探针。用4k探针微阵列分析了18例原发性透明细胞RCC肿瘤和11例非肿瘤邻近匹配组织的样本。使用44k探针的寡核苷酸阵列检测17例RCC样本（14例透明细胞、2例乳头状、1例嫌色细胞亚型），分为四个池。通过获取RCC表达lncRNA的基因组坐标，并将其与来自三个额外人体组织（正常肝脏、前列腺
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：Non-coding RNA profiling by array、GPL3985、9606。本站分类：肿瘤/肾癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE40914
【使用注意】
· 源站最后修改于 Apr 21 201，引用时请注意版本时效。
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
内含子和基因间长链非编码RNA（lncRNAs）正逐渐被认为是基因表达的调控因子。肾细胞癌（RCC）的分子发病机制仍知之甚少，尤其是对RCC中表达的内含子lncRNAs的研究有限。研究采用两种不同定制设计的芯片进行微阵列实验，这些芯片富集了针对定位于内含子基因组区域的lncRNAs探针。使用4k探针微阵列对18例原发性透明细胞RCC肿瘤和11例配对的癌旁非肿瘤组织样本进行了分析。使用44k探针的寡核苷酸芯片检测了17例RCC样本（14例透明细胞型、2例乳头状型、1例嫌色细胞型），分为四个混合池。通过获取RCC表达lncRNAs的基因组坐标，并将其与来自三个额外人体组织（正常肝脏、前列腺肿瘤和肾脏非肿瘤样本）的微阵列表达数据以及大规模公共数据中的表观遗传调控标记和进化保守序列进行交叉比对，开展了荟萃分析。获得了29个内含子lncRNAs在RCC与非肿瘤样本间差异表达的特征谱（错误发现率（FDR）<5%）。
另一个与RCC患者五年生存结局显著相关的26个内含子lncRNA特征被识别出来（FDR <5%，p值 ≤0.01）。我们识别出4303个在RCC中表达的内含子反义lncRNA，其中25%在三种人体组织中与同一基因座的mRNA表达呈顺式相关（r >|0.6|）。对这些基因座的基因本体（GO）分析表明，“生物过程的调控”是主要富集类别。对RCC中所有表达的蛋白编码基因进行模块图分析，这些基因与20%最丰富的lncRNA具有显著（r ≥|0.8|）的反式相关性，识别出35个相关（p <0.05）的GO集合。此外，我们确定这些lncRNA中有60%在进化上是保守的。在包含内含子RCC表达lncRNA的基因组基因座中
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