肾细胞癌内含子长链非编码RNA表达分析及计算机表征数据集
该数据集来自NCBI，聚焦肾细胞癌中内含子长链非编码RNA的表达分析。研究使用两种定制芯片，分别对18例原发性透明细胞肾癌与11例癌旁非肿瘤组织（4k探针），以及17例肾癌样本（14例透明细胞、2例乳头状、1例嫌色细胞亚型，分四池，44k探针）进行检测，并通过基因组坐标与三种额外人体组织的芯片表达数
基本信息
资源简介
肾细胞癌内含子长链非编码RNA表达分析及计算机表征数据集
Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations (RCC malignancy)
该数据集来自NCBI，聚焦肾细胞癌中内含子长链非编码RNA的表达分析。研究使用两种定制芯片，分别对18例原发性透明细胞肾癌与11例癌旁非肿瘤组织（4k探针），以及17例肾癌样本（14例透明细胞、2例乳头状、1例嫌色细胞亚型，分四池，44k探针）进行检测，并通过基因组坐标与三种额外人体组织的芯片表达数据交叉参照开展荟萃分析。数据可用于肾癌lncRNA表达谱研究及肿瘤与癌旁组织的分类分析（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Sep 14 201。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：内含子和基因间长链非编码RNA（lncRNA）是新兴的基因表达调控因子。肾细胞癌（RCC）的分子发病机制仍知之甚少，尤其是对RCC中表达的内含子lncRNA研究有限。使用两种不同的定制芯片进行微阵列实验，这些芯片富集了定位于内含子基因组区域的lncRNA探针。用4k探针微阵列分析了18例原发性透明细胞RCC肿瘤和11例非肿瘤癌旁匹配组织的样本。使用44k探针的寡核苷酸阵列检测了17例RCC样本（14例透明细胞、2例乳头状、1例嫌色细胞亚型），分为四个池。通过获取RCC表达lncRNA的基因组坐标，并将其与来自三种额外人体组织（正常肝脏、前列腺）的微阵列表达数据进行交叉参照，进行了荟萃分析。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：Non-coding RNA profiling by array、GPL3985、9606。本站分类：肿瘤/肾癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE40911
【使用注意】
· 源站最后修改于 Jan 21 201，引用时请注意版本时效。
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE40911
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
内含子和基因间长链非编码RNA（lncRNAs）正逐渐被认为是基因表达的调控因子。肾细胞癌（RCC）的分子发病机制仍知之甚少，尤其是对RCC中表达的内含子lncRNAs的研究较为有限。研究采用两种不同定制设计的芯片进行微阵列实验，这些芯片富集了针对定位于内含子基因组区域的lncRNAs探针。使用4k探针微阵列对18例原发性透明细胞RCC肿瘤和11例配对的癌旁非肿瘤组织样本进行了分析。使用44k探针的寡核苷酸芯片检测了17例RCC样本（14例透明细胞型、2例乳头状型、1例嫌色细胞型），分为四个混合池。通过获取RCC表达lncRNAs的基因组坐标，并将其与来自三个额外人体组织（正常肝脏、前列腺肿瘤和肾脏非肿瘤样本）的微阵列表达数据以及大规模公共数据中的表观遗传调控标记和进化保守序列进行交叉比对，开展了荟萃分析。获得了29个内含子lncRNAs在RCC与非肿瘤样本间差异表达的特征谱（错误发现率（FDR）<5%）。
已鉴定出另一个由26个内含子lncRNA组成的特征，其与RCC患者五年生存结局显著相关（FDR <5%，p值 ≤0.01）。我们鉴定出4303个在RCC中表达的内含子反义lncRNA，其中25%在三种人体组织中与同一基因座的mRNA表达呈顺式相关（r >|0.6|）。对这些基因座的Gene Ontology（GO）分析表明，“生物过程的调控”是主要富集类别。对RCC中所有表达的蛋白编码基因进行模块图分析，这些基因与表达丰度最高的20% lncRNA存在显著的反式相关（r ≥|0.8|），鉴定出35个相关（p <0.05）的GO集合。此外，我们确定这些lncRNA中有60%在进化上保守。在包含内含子RCC表达lncRNA的基因组基因座中
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