透明细胞肾细胞癌异构体重塑的差异转录本使用与丰度分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE337928

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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的特征是由缺氧信号、代谢重编程和免疫调节驱动的转录重编程。尽管基因水平分析已明确了ccRCC生物学的关键特征，但这些分析无法捕捉由可变剪接产生的异构体水平变异。差异转录本使用（DTU）代表了一个额外的调控层面，可能影响蛋白质功能、通路活性和临床结局，但其在ccRCC生物学和预后中的作用仍未被完全理解。我们评估了来自Dartmouth Cancer Center队列的127例ccRCC肿瘤和33例癌旁正常组织的差异表达，并在94例CPTAC肿瘤中进行外部验证，同时对细胞类型比例进行了校正。首先使用DRIMSeq/stageR对正式DTU进行检验，该方法评估基因内相对异构体比例的变化。随后，在另一项纳入临床和肿瘤微环境协变量的协变量校正limma-voom转录本丰度分析中，对stageR显著的转录本进行了评估。

转录本水平表达的共识聚类定义了肿瘤亚组，Cox比例风险模型将转录本水平特征与临床变量整合。在肿瘤与正常组织的比较中，1，170个转录本同时通过了正式的DTU筛选和协变量校正的转录本丰度标准，映射至典型ccRCC通路，并在功能性和非功能性转录本类别中呈现不同模式。基于转录本水平表达的共识聚类识别出两个具有不同血管生成特征且生存差异显著的亚组。聚类水平分析揭示了DTU支持的转录本丰度变化，涉及细胞骨架组织（ACTB）、免疫过程（B2M）、细胞外基质组织（FN1、APLP2）和铁代谢（FTH1）相关基因，并伴有蛋白质结构域改变，包括ACTB中肌动蛋白相关结构域的缺失和免疫球蛋白样

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。